Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaggtttcactcatctcaattcatctcctacagaattgattattcatgataaaattctcgcatctttaagaccatgctaatcgactactctctattatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTCCAATCAAATCTGGATGATGTGAACAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S168_70V6.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162267296|gb|FC442084.1|FC442084
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162193825|gb|FC371300.1|FC371300
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|208400781|gb|DC925061.1|DC925061
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGGTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162223683|gb|FC399456.1|FC399456
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162259443|gb|FC434954.1|FC434954
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162193558|gb|FC370461.1|FC370461
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162162824|gb|FC338086.1|FC338086
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162193826|gb|FC371301.1|FC371301
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162164263|gb|FC342078.1|FC342078
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGC-AAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162259444|gb|FC434955.1|FC434955
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162200465|gb|FC376126.1|FC376126
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|37848361|gb|BJ606369.1|BJ606369
EST:     TCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: TCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162150597|gb|FC326453.1|FC326453
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162150598|gb|FC326454.1|FC326454
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|37846517|gb|BJ604525.1|BJ604525
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|37840790|gb|BJ598798.1|BJ598798
EST:     GGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAANCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: GGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162189353|gb|FC366511.1|FC366511
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162192557|gb|FC370604.1|FC370604
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|37845541|gb|BJ603549.1|BJ603549
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|37852890|gb|BJ610898.1|BJ610898
EST:     ACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCT
genomic: ACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATT-CCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCT
EST: gi|162169785|gb|FC345322.1|FC345322
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162236018|gb|FC412177.1|FC412177
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|37851537|gb|BJ609545.1|BJ609545
EST:     GACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: GACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162192556|gb|FC370603.1|FC370603
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162236017|gb|FC412176.1|FC412176
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|37838353|gb|BJ596361.1|BJ596361
EST:     GACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: GACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|37838320|gb|BJ596328.1|BJ596328
EST:     ACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: ACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|37825076|gb|BJ583142.1|BJ583142
EST:     ACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: ACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|208368987|gb|DC955072.1|DC955072
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162181556|gb|FC358170.1|FC358170
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
EST: gi|162200466|gb|FC376127.1|FC376127
EST:     AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAG                         AACGTGGATTCCGATGCTGCNNNNNNNCTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC
genomic: AACACTGGAACACCTATGGTCGACATTATTACACGCGTTACGATTATGAGgttaggtttc ... ttatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaaattctcgcatctttaagaccatgctaatcgactactctctattatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTCCAATCAAATCTGGATGATGTGAACAG
                         tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                      ctctctatt  putative PPT
            atctttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttaggtttcactcatctcaattcatctcctacagaattgattattcatgataaaattctcgcatctttaagaccatgctaatcgactactctctattatgcacagAACGTGGATTCCGATGCTGCAAAAAAACTTATGGAGAATCTTGTTGAGCTCCAATCAAATCTGGATGATGTGAACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA