Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaatttcattcacttttcataaaacatatgtttgtagtaatcctgctacttaatcgattcgataaactttcttgctgattatccttttttaatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTATTAGAACAGCTCTTGTTGATGCCGCTAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S149_289V6.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S149_289V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
-----aaaatttcattcacttttcataa-aacatatgtttgtagtaatcctgctacttaatcgattcgataaactttcttgctgattatccttttttaatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTATTAGAACAGCTCTTGTTGATGCCGCTAG
     |  || || |    ||| |||   ||  | ||     |||||   ||    |   || ||   |||   || ||      | ||   |  | | | | ||| ||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||| || ||||| ||  | || ||||| |||||
gtatgatgatctcttagtgtttgcatgccaatttttgcaaacagtaaagatggggatgtttctat---atatgtttgctgatatgtcatgaatgat-attgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCATCAGAACTGCATTGGTGGATGCTGCTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162159174|gb|FC334345.1|FC334345
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162198558|gb|FC373404.1|FC373404
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|208356851|gb|DC926862.1|DC926862
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162192962|gb|FC371945.1|FC371945
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162175003|gb|FC350902.1|FC350902
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162156171|gb|FC332546.1|FC332546
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162192963|gb|FC371946.1|FC371946
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|37838395|gb|BJ596403.1|BJ596403
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGCACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162175002|gb|FC350901.1|FC350901
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|37850096|gb|BJ608104.1|BJ608104
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162268426|gb|FC444195.1|FC444195
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162234666|gb|FC410412.1|FC410412
EST:     GGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: GGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|208369434|gb|DC955895.1|DC955895
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162276484|gb|FC452682.1|FC452682
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162156170|gb|FC332545.1|FC332545
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162183371|gb|FC359286.1|FC359286
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|162268425|gb|FC444194.1|FC444194
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
EST: gi|208366302|gb|DC947546.1|DC947546
EST:     AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAG                         CCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 28 (upstream exon), 19 (downstream exon)
Score: 4

GCGTACACAATTGCACGCAATGCTGGAGTGGAGGGAGCTGTCGTTGTTGGAAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaa ... taatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTATTAGAACAGCTCTTGTTGATGCCGCTAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctacttaatcgattcgataaactttcttgctgattatccttttttaatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTATTAGAACAGCTCTTGTTGATGCCGCTAG
                                          ttttaat  putative branch site (score: 4)
                                     tccttttttaattt  CT-rich tract
                                 attatccttttttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaaatttcattcacttttcataaaacatatgtttgtagtaatcctgctacttaatcgattcgataaactttcttgctgattatccttttttaatttgcagCCGAGTACGTCGACATGGTGAAGGCTGGAATTATTGATCCTGTAAAGGTTATTAGAACAGCTCTTGTTGATGCCGCTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC