Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcttaaatttaactcttcatgtagacttcttaaagcctaataaacagttaaatgtaacctcatactacataaatcccgcatgtgtatgtgtttacggaagatttagaggagcattttacttgggaacttatgcccttcagttgcaacaaagacctgaagcatacaactcatagcgtgaatgcgtttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGACAAGGATCGTGTAGGCATCACTGGAATTTCATACGGAGGTTTTAGTACCC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_317V6.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100398950|gb|BY990597.1|BY990597
EST:     GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|162242963|gb|FC416472.1|FC416472
EST:     GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAAGCTATGCGGAC
genomic: GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|37827954|gb|BJ585966.1|BJ585966
EST:     GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|37829800|gb|BJ587812.1|BJ587812
EST:     GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|162242962|gb|FC416471.1|FC416471
EST:     TTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: TTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|208350253|gb|DC925729.1|DC925729
EST:     GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAANCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|37824608|gb|BJ582674.1|BJ582674
EST:     AAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: AAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|37829477|gb|BJ587489.1|BJ587489
EST:     GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|37829305|gb|BJ587317.1|BJ587317
EST:     GTAAAAAG-TTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|37841967|gb|BJ599975.1|BJ599975
EST:     TGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: TGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|162174855|gb|FC351647.1|FC351647
EST:     GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|37841095|gb|BJ599103.1|BJ599103
EST:     ACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: ACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|162252661|gb|FC428698.1|FC428698
EST:     GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: GTAAAAAGTTTTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
EST: gi|37825373|gb|BJ583439.1|BJ583439
EST:     TTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAG                         GATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC
genomic: TTTGCATGCTGGCGACAAGCAATGGGCAGCAGCCATGCAGgtcttaaatt ... ttgagaacagGATGACGTTACCGATTCTGTGAAGTGGGCAATTGGAGAAGGCTATGCGGAC