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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatctatgattttcctctcgaatatttagtaatatcatcttaattgttcagcaattctttacagctatgtaacgtaaacatttcggtttcttggcgctaatgattttcaactcttccttccgtcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACCTTACATAGCTGCTGGGGAACCTTATCAACAGGTTTTTCATGCAATACCT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S28_184V6.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208352952|gb|DC926059.1|DC926059
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|162256738|gb|FC432632.1|FC432632
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|208398246|gb|DC912287.1|DC912287
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|162171439|gb|FC346714.1|FC346714
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGATACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|162255770|gb|FC431430.1|FC431430
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|18334138|gb|BJ166154.1|BJ166154
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|37838300|gb|BJ596308.1|BJ596308
EST:     CCTGTAATCCCTGTTGTTAACCNTCCGACACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: CCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
EST: gi|162152204|gb|FC328183.1|FC328183
EST:     GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGATACCAACTCTTGCAACTCG                         GTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC
genomic: GGTCCTGTAATCCCTGTTGTTAACCCTCCGACACCAACTCTTGCAACTCGgtatgtatct ... tcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acatttcggtttcttggcgctaatgattttcaactcttccttccgtcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACCTTACATAGCTGCTGGGGAACCTTATCAACAGGTTTTTCATGCAATACCT
                 cgctaat  putative branch site (score: 3)
                          ttttcaactcttcctt  putative PPT
                    taatgatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtatgtatctatgattttcctctcgaatatttagtaatatcatcttaattgttcagcaattctttacagctatgtaacgtaaacatttcggtttcttggcgctaatgattttcaactcttccttccgtcaatgacagGTGTCATGCACACCCTGCTGTCTTATCCACCAACCTCAGCTATGGTAGACCTTACATAGCTGCTGGGGAACCTTATCAACAGGTTTTTCATGCAATACCT

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