Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctggttttgtgtattatgattctcgtgagagtagtttgttctatatttgttctgttgatcctgaggttagttgataatttcctgggtgattgctcgcagATTGAATCTGGAGAGACAGATGCATGGCTGTCCTTGGGACTCATGTTTCACCTTAGTGTATTGCCACTGACTCGGCAACTCACCAACATCAGTGGTAATC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S257_37V6.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S257_37V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G149802_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 11
----tctggttttg----tgtattatgattctcgtgag-agtagtttgttctatatttgttctgttgatcctgaggttagttgataatttcctgggtgattgctcgcagATTGAATCTGGAGAGACAGATGCATGGCTGTCCTTGGGACTCATGTTTCACCTTAGTGTATTGCCACTGACTCGGCAACTCACCAACATCAGTGGTAATC
    | |  ||         |||| || | ||  |    |  ||  |||  | ||||| |    |   |  |||   || |||  || ||    ||   |  |    || |||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||  | |||||  | |||||||| || ||| | |||||||| |||||||| |
gtaatttcattcaaacaaaatattgtgctgcttttctctaacagaatgtcttctatttttctcataagttatgaaactaattgcaaaattgt--ggcactcacct--agGTTGAATATGGTGAGACAGATGCATGGCTTTCTTTGGAGCTCATGTTTCATTTGAGTGTTCTCCCACTGACACGACAATTAACCAACATTAGTGGTAACC

upper sequence: PP1S257_37V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 14
lower sequence: EFJ15342 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 13
tctggttttgtgtattatgattctcgtgagagtagtttgttctatatttgttctgttgatcctgaggttagttgataatttcctgggtgattgctcgcagATTGAATCTGGAGAGACAGATGCATGGCTGTCCTTGGGACTCATGTTTCACCTTAGTGTATTGCCACTGACTCGGCAACTCACCAACATCAGTGGTAATC
                                            |||  |||    |    | | ||||  |||    ||| |  |||   |  |  |||||| ||||||| || || || || ||| |||| ||| |  | ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||||| || |||||| 
-------------------------------------------gtatgagtttctctttcgcagtggtt--ttgc--gtttac--ggtatatatttacagATTCAATCTGGTGAAACCGACGCTTGGTTGTCGTTGAGTTTGATGTTTCACCTTAGTGTTTTACCGCTTACACGGCAACTCACTAACATTAGCGGTAATT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttgttctgttgatcctgaggttagttgataatttcctgggtgattgctcgcagATTGAATCTGGAGAGACAGATGCATGGCTGTCCTTGGGACTCATGTTTCACCTTAGTGTATTGCCACTGACTCGGCAACTCACCAACATCAGTGGTAATC
                      ttagttgataattt  TA-rich tract