Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaatatttttttcaatgtgcttgagtgtaccaccctttccaagtttaaagaatgtccaaatgaacgattaccgattgttgcttggtggttgttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S22_40V6.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162184139|gb|FC358885.1|FC358885
EST:     ATATCGTGATTGACTCANAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTTGCA-CTGGTGGTTTGGAAAT
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTT-GCAACTGGTGGTTTGGAAAT
EST: gi|162197988|gb|FC373691.1|FC373691
EST:     ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: gi|208396875|gb|DC920443.1|DC920443
EST:     TATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCNACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: TATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: gi|162167111|gb|FC343587.1|FC343587
EST:     ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: gi|162191466|gb|FC367170.1|FC367170
EST:     ATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCGG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: ATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: gi|162210539|gb|FC386835.1|FC386835
EST:     ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: gi|162153152|gb|FC329558.1|FC329558
EST:     ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: gi|162235435|gb|FC411570.1|FC411570
EST:     GACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: GACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: gi|162210538|gb|FC386834.1|FC386834
EST:     GCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTGGGAAATG
genomic: GCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: gi|162167791|gb|FC344521.1|FC344521
EST:     ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCCACTG
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTG
EST: gi|162164179|gb|FC339602.1|FC339602
EST:     ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
EST: gi|162235436|gb|FC411571.1|FC411571
EST:     ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTG                         GAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG
genomic: ATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 25 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 5

AGTCTGCCATGTCTATGTTGATACGGCTGCTGATCTAGAGAAAGCCAAGAATATCGTGATTGACTCAAAAGTAGACTATCCAGCTGCATGCAACGCTCTGgtatgctgtg ... gttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaagaatgtccaaatgaacgattaccgattgttgcttggtggttgttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG
                                           ttgtttt  CT-rich tract
 ttgttttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaatatttttttcaatgtgcttgagtgtaccaccctttccaagtttaaagaatgtccaaatgaacgattaccgattgttgcttggtggttgttttaacagGAAACATTGCTTGTCCATGAAGATTTGGTTGCAACTGGTGGTTTGGAAATGCTAGCTTTTGCTTTACAGAGTGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG