Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgcacgacagttctatttttagatttctttttctcaatccaaaattacattcccaacataatcgccatctatttcggattatacttcaaatagaggtttcctaatgttgaaaactgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTCAGCAAGCGCAGACAATTGTGCAGCCTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S169_73V6.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S169_73V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G017089_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtttgcacgacagttctatttttagatttctttttctcaatccaaaattacattcccaacataatcgccatctatttcggattatacttcaaatagaggtttcctaatgttgaaaactgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTCAGCAAGCGCAGACAATTGTGCAGCCTG
                    |  |||||  || |  |||| | ||   || |||    | |  ||    || |    | || |    |  |   | | |||  | ||| ||  ||||    ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||  |||||||| || || ||||| ||||  ||||| || || |||||||
--------------------tgaagattatttgtagtcaagctaag-ctaaattgtggagaccatgtggatgtg---cagaatggcgtgtattcataagttgtc-aatatttgaaacc--tgtgcagGGGATAATGGAAGCCTGTGGTTTTGGGACTGGAAGAGTGGTCATAACTTTCAACAAGATCAGACTATAGTCCAGCCTG

upper sequence: PP1S169_73V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 13
lower sequence: AT4G15900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
gtttgcacgacagttctatttttagatttctttttctcaatccaaaattacattcccaacataatcgccatctatttcggattat-acttcaaatagaggtttcctaatgttgaaaactgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTCAGCAAGCGCAGACAATTGTGCAGCCTG
         | |     |||| | |||| ||||    |   |    |||   ||||    ||| |    ||   |     || || | ||  ||  ||   |   |  | |  |    |||  || |||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||| |||| ||| || ||  |  | || || || |||||||
-------gtatataatcatttct-gattcctttcgtcc---ctgtgattgttttcctttgatagtaaa-atgggtgagacataatcattttcaactgaaactgattc-tatatatgtgtga-atgaagGTGATAATGGAAGTATATGGTTCTGGGACTGGAAGAGTGGTCACAGTTTCCAACAGTCAGAAACTATCGTACAGCCTG

upper sequence: PP1S169_73V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv05s0077g02310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
---------------gtttgcacgacagttctatttttagatttctttttctcaatccaaaattacattccc---aacataatcgcc---atctatttcggatta-tacttcaaatagag-------------gtttcct------aatgttgaaaactgacgtgc-----------agGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTCAGCAAGCGCAGACAATTGTGCAGCCTG
                |||    || |  | |  ||| |||||  |   |   | |       || |||  |   ||  | || ||    | | |||| | |||| || | || ||| |              |  || |      ||| |  ||| |||   |             ||| || ||||| ||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
gtgtgacacattaaactttttctgataaatttcgtttgagattattagctgggagtttttgtctatatttactgaaagctgatggcattaagccattttgaattagtattccatataaaacaaagttgaaacagcatctttaaaaaaatatctaaacctgtgtttttgggttactaaagGCGACAATGGGAGTATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162203186|gb|FC379283.1|FC379283
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162175454|gb|FC350924.1|FC350924
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37832005|gb|BJ590017.1|BJ590017
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37822469|gb|BJ580535.1|BJ580535
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37823397|gb|BJ581463.1|BJ581463
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162183680|gb|FC359908.1|FC359908
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162198129|gb|FC373079.1|FC373079
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37829624|gb|BJ587636.1|BJ587636
EST:     TTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: TTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37827542|gb|BJ585554.1|BJ585554
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|18336709|gb|BJ168732.1|BJ168732
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37841942|gb|BJ599950.1|BJ599950
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37829602|gb|BJ587614.1|BJ587614
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37834715|gb|BJ592727.1|BJ592727
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37828539|gb|BJ586551.1|BJ586551
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|67720614|gb|BJ970873.1|BJ970873
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162266558|gb|FC442789.1|FC442789
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|162160838|gb|FC337660.1|FC337660
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|208365406|gb|DC950873.1|DC950873
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
EST: gi|37823750|gb|BJ581816.1|BJ581816
EST:     AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG                         GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC
genomic: AATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAGgtttgcacga ... tgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttcggattatacttcaaatagaggtttcctaatgttgaaaactgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTCAGCAAGCGCAGACAATTGTGCAGCCTG
                                          aactgac  putative branch site (score: 2)
        attatacttcaaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgcacgacagttctatttttagatttctttttctcaatccaaaattacattcccaacataatcgccatctatttcggattatacttcaaatagaggtttcctaatgttgaaaactgacgtgcagGTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTCAGCAAGCGCAGACAATTGTGCAGCCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG