Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgtacttccacttcaaatttttcggttgaaacttttgccaccaattggttttctgtttgcactaatacttgcagttgtctaactttgtcattgttccagCAATGGCACGAATAGCATGCAGCCATAATAGGATGTTCCGACAAGCTGCTGCAGCGTACTTAAAATTGCCATCTCAATCAGCAGTTGTGCCGAACTATGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S124_156V6.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18368860|gb|BJ200945.1|BJ200945
EST:     GACAGTCTTAAGTGATGGAAGTCCACTTGTTCGAGCCGAGCTTGCTATAG                         CAATGGCACGAATAGCATGCAGCCATAATAGGATGTTCCGACAAGCTGCTG
genomic: GACAGTCTTAAGTGATGGAAGTCCACTTGTTCGAGCCGAGCTTGCTATAGgtgtgtaagt ... attgttccagCAATGGCACGAATAGCATGCAGCCATAATAGGATGTTCCGACAAGCTGCTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggttttctgtttgcactaatacttgcagttgtctaactttgtcattgttccagCAATGGCACGAATAGCATGCAGCCATAATAGGATGTTCCGACAAGCTGCTGCAGCGTACTTAAAATTGCCATCTCAATCAGCAGTTGTGCCGAACTATGG
                                gtctaac  putative branch site (score: 2)
                                              ttgttcc  putative PPT
                  taatactt  TA-rich tract