Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actctgttaggggttataatatacttaacctccgaagtaccacatttcctatatcttagctaacccaggcagcttctctgtgttgctttgttgggtgaagGGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCCGCACTGGAAATGGCATTGCTGGTTATTCGCTCCAATCCTACAGTACTTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S10_296V6.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15320044|gb|BI487478.1|BI487478
EST:     GAGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTGGGGCAAAGATCAG                         GGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCC
genomic: GAGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTGGGGCAAAGATCAGgtaatttcta ... ttgggtgaagGGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCC
EST: gi|162165055|gb|FC341102.1|FC341102
EST:     AGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTGNGGGCAA-GATCAG                         GGTCATATGGCGGACATGGTACAAAA
genomic: AGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTG-GGGCAAAGATCAGgtaatttcta ... ttgggtgaagGGTCATATGGCGGACATGGTACAAAA
EST: gi|162158085|gb|FC334473.1|FC334473
EST:     GAGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTGGGGCAAAGATCAG                         GGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCC
genomic: GAGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTGGGGCAAAGATCAGgtaatttcta ... ttgggtgaagGGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCC
EST: gi|162158084|gb|FC334472.1|FC334472
EST:     GAGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTGGGGCAAAGATCAG                         GGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCC
genomic: GAGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTGGGGCAAAGATCAGgtaatttcta ... ttgggtgaagGGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCC
EST: gi|37821124|gb|BJ579190.1|BJ579190
EST:     GAGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTGGGGCAAAGATCAG                         GGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCC
genomic: GAGGAGGCCTTGATGATACTGGTAGTTCCTTCTCCTGGGGCAAAGATCAGgtaatttcta ... ttgggtgaagGGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcctatatcttagctaacccaggcagcttctctgtgttgctttgttgggtgaagGGTCATATGGCGGACATGGTACAAAAAGAGGTGAGATCTTTAATGAACTCCGCACTGGAAATGGCATTGCTGGTTATTCGCTCCAATCCTACAGTACTTG
            agctaac  putative branch site (score: 2)
                                        ctttgtt  putative PPT
     atatctta  TA-rich tract