1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtaagttgtcacttattatttaattaggtggcgatggagaaaactaaaaatgattccagtaaccttcgttagcaattttggttgcaattgttgtcatgtgcatggtcacaattagtgtttatgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAAGAAGAATAGATGGCAAGAGTTTGATTCTCATTTGCAGAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S83_162V6.1 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|162231693|gb|FC408273.1|FC408273
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: CTGTTGTC-AACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|37833064|gb|BJ591076.1|BJ591076
genomic: CTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|208383459|gb|DC923611.1|DC923611
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|37828455|gb|BJ586467.1|BJ586467
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|162167398|gb|FC343101.1|FC343101
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGNGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCEST: gi|162177829|gb|FC355079.1|FC355079
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGC
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTEST: gi|37824807|gb|BJ582873.1|BJ582873
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGT
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|162167397|gb|FC343100.1|FC343100
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|37836032|gb|BJ594040.1|BJ594040
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|208396068|gb|DC924534.1|DC924534
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|162240587|gb|FC419364.1|FC419364
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAEST: gi|37835488|gb|BJ593500.1|BJ593500
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
EST: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAA GTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
genomic: GGGTGGCCTGGTTACTACTGTAGAGGGCCTGTTGTCAAACATTAGTGAAAgtaagttgtc ... tgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGA
tttggttgcaattgttgtcatgtgcatggtcacaattagtgtttatgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAAGAAGAATAGATGGCAAGAGTTTGATTCTCATTTGCAGAAG
tttatgaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttgtcacttattatttaattaggtggcgatggagaaaactaaaaatgattccagtaaccttcgttagcaattttggttgcaattgttgtcatgtgcatggtcacaattagtgtttatgaaatgcagGTTTGAAGCGGGTGCATGGGTTTAGCATTGGTGACAGTGCAGAAGCATGGAAGAAGAATAGATGGCAAGAGTTTGATTCTCATTTGCAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA