1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...tcctaaaaggttgcatgtcgaatgcgagggttgagggcaatgactatgcgttgggctcaaactcgtgatggtagagaatgacagtgcttgttttgtgcagGTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCTACTGATCTG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S60_139V6.2 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAG GTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCTEST: gi|37842392|gb|BJ600400.1|BJ600400
genomic: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAGgtgtgaactt ... ttttgtgcagGTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCT
EST: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAG GTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCTEST: gi|37848639|gb|BJ606647.1|BJ606647
genomic: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAGgtgtgaactt ... ttttgtgcagGTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCT
EST: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAG GTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCTEST: gi|37844317|gb|BJ602325.1|BJ602325
genomic: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAGgtgtgaactt ... ttttgtgcagGTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCT
EST: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAG GTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCTEST: gi|37845074|gb|BJ603082.1|BJ603082
genomic: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAGgtgtgaactt ... ttttgtgcagGTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCT
EST: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAG GTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCTEST: gi|162229422|gb|FC404781.1|FC404781
genomic: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAGgtgtgaactt ... ttttgtgcagGTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCT
EST: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAG GTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCT
genomic: GCGGAAGGGGAACTCTACTCCATCTATGCGATGATGTCATCCAGCAAGAGgtgtgaactt ... ttttgtgcagGTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCT
atgcgttgggctcaaactcgtgatggtagagaatgacagtgcttgttttgtgcagGTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCTACTGATCTG
cttgtttt CT-rich tract
ttgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcctaaaaggttgcatgtcgaatgcgagggttgagggcaatgactatgcgttgggctcaaactcgtgatggtagagaatgacagtgcttgttttgtgcagGTGAAGGAAGTGATTATGGCTTACTTTGTGTTAATGAGCCAAGGCAAAGCTACTGATCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG