Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttttctgtcctcttcgtgcgtaatgccttgttcatatacatggaatctttgtttaatcatgaagacgtttttgatatggtggagtttgctgtatgcagATTTCACACAGGTGTGAATCACATGAGTTGCAACGGTTTCCACATTTGCGAAAGCGCATCGAGGAAGTGGTAGGAAGTTTTCTTCGTGAAGGTTTATCCC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S49_216V6.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162155641|gb|FC331254.1|FC331254
EST:     TGGAGCCTAGTTTACAGTGTGCTCGCTTCATTTACGATGAGCTTGTGAAG                         ATNTCACACAGGTGTGAATCACATGAGTTGCAACGGT
genomic: TGGAGCCTAGTTTACAGTGTGCTCGCTTCATTTACGATGAGCTTGTGAAGgtattatttg ... ctgtatgcagATTTCACACAGGTGTGAATCACATGAGTTGCAACGGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatctttgtttaatcatgaagacgtttttgatatggtggagtttgctgtatgcagATTTCACACAGGTGTGAATCACATGAGTTGCAACGGTTTCCACATTTGCGAAAGCGCATCGAGGAAGTGGTAGGAAGTTTTCTTCGTGAAGGTTTATCCC
                         ttttgat  putative branch site (score: 4)
                        tttttgatat  TA-rich tract