1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...tctatccctccattctttaccacatacttgagcaatgatacccaagaagctgatagtgaaatgcgcatatcagtaatttaattaagtttttacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGACTGACGGGCTTGAAGGCATGAGAGAGGAGAGCAAGGAATGGCGTTGATG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S189_118V6.1 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|208390897|gb|DC945914.1|DC945914
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|37850860|gb|BJ608868.1|BJ608868
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|67692844|gb|BJ953077.1|BJ953077
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|67697660|gb|BJ957893.1|BJ957893
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|208385608|gb|DC948967.1|DC948967
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|208371855|gb|DC951847.1|DC951847
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAANCCAGACATCANTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|37843082|gb|BJ601090.1|BJ601090
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|208385977|gb|DC956493.1|DC956493
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|208370456|gb|DC952159.1|DC952159
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|37830721|gb|BJ588733.1|BJ588733
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGAEST: gi|208371231|gb|DC956009.1|DC956009
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
EST: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAG GTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
genomic: GGAAACCAGACATCACTAAGGCTACTAAGCTTCTTGGGTGGGACCCTAAGgtttgcgtct ... tacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGA
gaagctgatagtgaaatgcgcatatcagtaatttaattaagtttttacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGACTGACGGGCTTGAAGGCATGAGAGAGGAGAGCAAGGAATGGCGTTGATG
atttaat putative branch site (score: 7)
tttttac putative PPT
atatcagtaatttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctatccctccattctttaccacatacttgagcaatgatacccaagaagctgatagtgaaatgcgcatatcagtaatttaattaagtttttacatgttagGTGACACTGCGTGAGGGCCTGCCTTTGATGGCAGCAGATTTTAAGGAGAGACTGACGGGCTTGAAGGCATGAGAGAGGAGAGCAAGGAATGGCGTTGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - cacatac