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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggtcagtctgtttatatggtacttatctacacatttataaatatgttgaactttttttgaggcttatggagtgctctggttttgcatccttcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S169_73V6.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162203186|gb|FC379283.1|FC379283
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|162175454|gb|FC350924.1|FC350924
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|37832005|gb|BJ590017.1|BJ590017
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|37822469|gb|BJ580535.1|BJ580535
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|37823397|gb|BJ581463.1|BJ581463
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|162183680|gb|FC359908.1|FC359908
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|162198129|gb|FC373079.1|FC373079
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|37827542|gb|BJ585554.1|BJ585554
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|18336709|gb|BJ168732.1|BJ168732
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|37841942|gb|BJ599950.1|BJ599950
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|37829602|gb|BJ587614.1|BJ587614
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|37834715|gb|BJ592727.1|BJ592727
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|37828539|gb|BJ586551.1|BJ586551
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|67720614|gb|BJ970873.1|BJ970873
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|162266558|gb|FC442789.1|FC442789
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|162160838|gb|FC337660.1|FC337660
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|208365406|gb|DC950873.1|DC950873
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
EST: gi|37823750|gb|BJ581816.1|BJ581816
EST:     AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCT                         ATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT
genomic: AACATAAAGAAGTTTCGGCTGCCCAAGGGAGAGTTTTTACATAACATGCTgtaagtgttc ... tcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaactttttttgaggcttatggagtgctctggttttgcatccttcaaacacagATCTCAGCAGCGCACAATCGTTAATTGCATGTCTATCAACGAGGACAATGTTATGGTGTCAGCAG
                                       catccttc  CT-rich tract
      tttttttga  TA-rich tract