Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cactcatgtaaagtgacttgccctctgcaacccggaaggcgttaggggtctcgatgaactcttcaacataatgttcattgctttccctgaaaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGATCGCCATTTTAGAACAGTGAGGTTTATTCAAGTGATACTGGCCCAAGTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S159_2V6.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208377543|gb|DC922646.1|DC922646
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|162279998|gb|FC456184.1|FC456184
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|162255997|gb|FC431761.1|FC431761
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|208346091|gb|DC917044.1|DC917044
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|208386288|gb|DC953001.1|DC953001
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|37836145|gb|BJ594153.1|BJ594153
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|67693400|gb|BJ953633.1|BJ953633
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|162174015|gb|FC350530.1|FC350530
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACCAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|67700691|gb|BJ960924.1|BJ960924
EST:     TTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|162194113|gb|FC370288.1|FC370288
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|37832920|gb|BJ590932.1|BJ590932
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|162164026|gb|FC339925.1|FC339925
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|162279999|gb|FC456185.1|FC456185
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
EST: gi|67727775|gb|BJ978034.1|BJ978034
EST:     TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAG                         GTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA
genomic: TGCTCAACAAATCCATTGAATATTACTAAGTATCAGAATGACAAGGAGgtatgcatgt ... aaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gggtctcgatgaactcttcaacataatgttcattgctttccctgaaaatatgcagGTTATGGACGTTTTTAACAAGATTTCCGAGTTATTTCCTGGTATGAATGGATCGCCATTTTAGAACAGTGAGGTTTATTCAAGTGATACTGGCCCAAGTG
                                          tgaaaatat  TA-rich tract