1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...taccactgtcccatgggataggtgtaacagtcgcagataacaggcagtgcactagtattttatgaaacactactaacaaaacgttgtctgttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTTCAGAACAGCTTGACCCGCGCGGAGCATTTTTATTAAATGATGGGTTAT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S570_1V6.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGTTGCTGTACCCGTCACTCCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAG GACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTEST: gi|37839397|gb|BJ597405.1|BJ597405
genomic: GAGGTTGCTGTACCCGTCACT-CATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAGgtgattatct ... ttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCT
EST: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAG GACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTEST: gi|37830212|gb|BJ588224.1|BJ588224
genomic: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAGgtgattatct ... ttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCT
EST: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAG GACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTEST: gi|37851486|gb|BJ609494.1|BJ609494
genomic: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAGgtgattatct ... ttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCT
EST: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAG GACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTEST: gi|162151695|gb|FC327824.1|FC327824
genomic: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAGgtgattatct ... ttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCT
EST: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAG GACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTEST: gi|37829499|gb|BJ587511.1|BJ587511
genomic: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAGgtgattatct ... ttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCT
EST: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAG GACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTEST: gi|162155670|gb|FC331283.1|FC331283
genomic: TGAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAGgtgattatct ... ttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCT
EST: GAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTC-TGNATGAGTACCTTNTGCAG GACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTEST: gi|37827853|gb|BJ585865.1|BJ585865
genomic: GAGGTTGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTG-ATGAGTACCTTTTGCAGgtgattatct ... ttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCT
EST: GAGGTTGGCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAG GACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCT
genomic: GAGGTT-GCTGTACCCGTCACTCATCCGTCTTGATGAGTACCTTTTGCAGgtgattatct ... ttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCT
agtgcactagtattttatgaaacactactaacaaaacgttgtctgttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTTCAGAACAGCTTGACCCGCGCGGAGCATTTTTATTAAATGATGGGTTAT
tactaac putative branch site (score: 2)
tagtattttatgaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taccactgtcccatgggataggtgtaacagtcgcagataacaggcagtgcactagtattttatgaaacactactaacaaaacgttgtctgttgtctgcagGACTCGAGAGGTGATGGTCCTGCGGGATTGCCTGCTCCTTTGGTTCTTTCTTCAGAACAGCTTGACCCGCGCGGAGCATTTTTATTAAATGATGGGTTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA