Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacggttcatcattttttgttgaaaattatacccctaggtacttaacctcgatcataagagttgaacaatttttgaaacctgaattatttatcctgattggtatggcattttttcatattagggtgcattatggccgcttgatatatgcttgattttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTTGAACTCAATGTTTACAAGCCTGTCATGATCAACGCTTTGCTTCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S49_154V6.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37846628|gb|BJ604636.1|BJ604636
EST:     CAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: CAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|162193052|gb|FC371476.1|FC371476
EST:     GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|162199788|gb|FC375861.1|FC375861
EST:     GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|37822641|gb|BJ580707.1|BJ580707
EST:     TTTANCAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTANCCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTNTAATGGGCACTTT
genomic: TTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|37848238|gb|BJ606246.1|BJ606246
EST:     ACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: ACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|67724429|gb|BJ974688.1|BJ974688
EST:     GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|162169177|gb|FC345144.1|FC345144
EST:     GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|37845743|gb|BJ603751.1|BJ603751
EST:     CAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTANCCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTTTAATGGGCACTTT
genomic: CAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|37848321|gb|BJ606329.1|BJ606329
EST:     TGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTTTAATGGGCACTTT
genomic: TGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|162170411|gb|FC347609.1|FC347609
EST:     ACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: ACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|37850973|gb|BJ608981.1|BJ608981
EST:     TTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTANCCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: TTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|208369492|gb|DC955905.1|DC955905
EST:     GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|162152401|gb|FC327964.1|FC327964
EST:     CGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: CGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|162169176|gb|FC345143.1|FC345143
EST:     AGTGCGAGGCTTTACCATTGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: AGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|18335537|gb|BJ167557.1|BJ167557
EST:     GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|162170412|gb|FC347610.1|FC347610
EST:     GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|162193053|gb|FC371477.1|FC371477
EST:     GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|208373600|gb|DC952425.1|DC952425
EST:     GTAA-GTC-ATTCCACACAGTGCGAGGC-TTAACAATGG-TTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCA-TACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|162199787|gb|FC375860.1|FC375860
EST:     GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GTAAGGTCAATCCCACACAGTGCGAGGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|37839892|gb|BJ597900.1|BJ597900
EST:     GGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
genomic: GGCTTTAACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT
EST: gi|37844267|gb|BJ602275.1|BJ602275
EST:     AACAATGGTTTGCGCTCAG                         GTAATGGGTANCCATACTACCATTACAGTAGCGGNTTNTAATGGGCACTTT
genomic: AACAATGGTTTGCGCTCAGgtaacggttc ... ttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcatattagggtgcattatggccgcttgatatatgcttgattttatatgcagGTAATGGGTAACCATACTACCATTACAGTAGCGGGTTCTAATGGGCACTTTGAACTCAATGTTTACAAGCCTGTCATGATCAACGCTTTGCTTCAG
                                     gcttgat  putative branch site (score: 5)
                                       ttgattttatat  TA-rich tract