1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtatgtctagggttgtgtattagctgacaagttgcagaaatctttattgtaactagatgttactccagaccgatacctttgcttctgtgtttgtagattggagaaattgttttcctcgtgcacttaatgtgtactcttggggtttggcatgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAAGAGTTGCACCAAGCTTTTTGGCCTGATTCAGATGAGGTATTGGCAGTAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S286_35V6.2 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAAEST: gi|37822683|gb|BJ580749.1|BJ580749
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAAEST: gi|162278814|gb|FC454657.1|FC454657
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAAEST: gi|37837044|gb|BJ595052.1|BJ595052
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAAEST: gi|37844453|gb|BJ602461.1|BJ602461
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAAEST: gi|162278813|gb|FC454656.1|FC454656
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAAEST: gi|37852463|gb|BJ610471.1|BJ610471
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
EST: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAG GTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
genomic: TCAAATCGAACAATATCAATGTACAAATGATCTCACAAGGTGCCTCGAAGgtatgtctag ... atgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAA
aaattgttttcctcgtgcacttaatgtgtactcttggggtttggcatgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAAGAGTTGCACCAAGCTTTTTGGCCTGATTCAGATGAGGTATTGGCAGTAA
acttaat putative branch site (score: 4)
acttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtctagggttgtgtattagctgacaagttgcagaaatctttattgtaactagatgttactccagaccgatacctttgcttctgtgtttgtagattggagaaattgttttcctcgtgcacttaatgtgtactcttggggtttggcatgtgaacagGTGAATATATCCATGGTGGTGGATGATGATGATGGTCCAAAGTGTGTGCAAGAGTTGCACCAAGCTTTTTGGCCTGATTCAGATGAGGTATTGGCAGTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG