Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcaaaatattaaacctagtcttgtttatttgctgtgatatttgcgcatgctgaagaatcagtttgatgctcgtacagagaatcgccttcagattacacctcattcattactatcacagattttcgattgatcctgttctaatctgatggctcggtgctgcacatcagGTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTAGGCTACGCACGTTACAAGCACCTCATTGGAACTTAAGTTTCGTCCCAGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S76_98V6.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162177190|gb|FC352619.1|FC352619
EST:     TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGG                         GTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA
genomic: TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGGgtatgcaaaa ... tgcacatcagGTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA
EST: gi|162193021|gb|FC371965.1|FC371965
EST:     TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGG                         GTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA
genomic: TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGGgtatgcaaaa ... tgcacatcagGTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA
EST: gi|67695098|gb|BJ955331.1|BJ955331
EST:     TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGG                         GTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA
genomic: TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGGgtatgcaaaa ... tgcacatcagGTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA
EST: gi|208361209|gb|DC957678.1|DC957678
EST:     TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGG                         GTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA
genomic: TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGGgtatgcaaaa ... tgcacatcagGTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA
EST: gi|18338616|gb|BJ170640.1|BJ170640
EST:     TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGG                         GTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA
genomic: TGAATATTCCCTATGAGTGGAATGAAAATCATGAAGAGGCCTTCACATGGgtatgcaaaa ... tgcacatcagGTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcacagattttcgattgatcctgttctaatctgatggctcggtgctgcacatcagGTGGTCGTGACTACGACAATTGCCTGCTTGGTGGTGTTCATCGCCGTCTTAGGCTACGCACGTTACAAGCACCTCATTGGAACTTAAGTTTCGTCCCAGA
                       ttctaat  TA-rich tract