Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atctactcaaggccgtttttgatttctatatgaacggataagtcctctggatgatgattgtctttctaaacttaatgcactagttgtgatgtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCGCCGCCAGGCAAGCAGGCAAAGCTCCTGATGTCTTTTACTGCTTGAGGCT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S64_220V6.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162160586|gb|FC336355.1|FC336355
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162174740|gb|FC352156.1|FC352156
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162191335|gb|FC368144.1|FC368144
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162182491|gb|FC357466.1|FC357466
EST:     GCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162170440|gb|FC347625.1|FC347625
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162198243|gb|FC373115.1|FC373115
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162244597|gb|FC424603.1|FC424603
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|208396587|gb|DC915899.1|DC915899
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162189526|gb|FC365748.1|FC365748
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162166217|gb|FC343434.1|FC343434
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162155390|gb|FC332004.1|FC332004
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162191242|gb|FC367920.1|FC367920
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162181881|gb|FC357688.1|FC357688
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162154421|gb|FC330423.1|FC330423
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162178199|gb|FC354917.1|FC354917
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|18339704|gb|BJ171731.1|BJ171731
EST:     GGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162165158|gb|FC341153.1|FC341153
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162197023|gb|FC373363.1|FC373363
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162170441|gb|FC347626.1|FC347626
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTNCA-GTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCC
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCT-CAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCC
EST: gi|162188743|gb|FC364029.1|FC364029
EST:     TGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: TGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162246303|gb|FC421048.1|FC421048
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162166223|gb|FC343440.1|FC343440
EST:     GCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162156209|gb|FC332584.1|FC332584
EST:     GCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162171668|gb|FC348129.1|FC348129
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162181859|gb|FC357666.1|FC357666
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162182492|gb|FC357467.1|FC357467
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|161978655|gb|EE296353.1|EE296353
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162165339|gb|FC340827.1|FC340827
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162223428|gb|FC400319.1|FC400319
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162166621|gb|FC343513.1|FC343513
EST:     GCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCNTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|37852182|gb|BJ610190.1|BJ610190
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162199478|gb|FC373780.1|FC373780
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162252057|gb|FC428296.1|FC428296
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162244637|gb|FC424604.1|FC424604
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCCTCA-GTGAAAGT-GCCTAAAGCAGCTATTGC
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCC-TCAAGTGAA-GTTGCCTAAAGCAGCTATTGC
EST: gi|162188744|gb|FC364030.1|FC364030
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
EST: gi|162174741|gb|FC352157.1|FC352157
EST:     GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGG                         GAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG
genomic: GACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 52

CGCAGCTATCATGCAATCATTGAGAAAAAGAGCGCATATTATGACGGATGGCTTCAATGCATGCGAGAACGTTGTCTGCAACTTTACTGAGGgtaatgaatt ... gtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCGCCGCCAGGCAAGCAGGCAAAGCTCCTGATGTCTTTTACTGCTTGAGGCT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctggatgatgattgtctttctaaacttaatgcactagttgtgatgtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCGCCGCCAGGCAAGCAGGCAAAGCTCCTGATGTCTTTTACTGCTTGAGGCT
                 tttctaaacttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atctactcaaggccgtttttgatttctatatgaacggataagtcctctggatgatgattgtctttctaaacttaatgcactagttgtgatgtggttgcagGAGCTATGTATTCTTTCCCTCAAGTGAAGTTGCCTAAAGCAGCTATTGCCGCCGCCAGGCAAGCAGGCAAAGCTCCTGATGTCTTTTACTGCTTGAGGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG