Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttgagtgctgtttccatgtcggattgctcctggcatttttagagtttctatcagttctatccgtctccttcatttcgtgcaatttaatctctcagatctgtgatagatcaattttttgtatttttgtgcaagtacagacctaattgcttctaggtccttcaaaaatgtgcagATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGAGGCGAGTGGTTTGAGACGTGCCTTCTCGATTATGATCCTTGCTCAAATT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S488_10V6.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162185125|gb|FC362259.1|FC362259
EST:     ATATGAAGGAATTGGCTGCCACTGGATTCATGTCGAATCGTGGACGTCAG                         ATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGA
genomic: ATATGAAGGAATTGGCTGCCACTGGATTCATGTCGAATCGTGGACGTCAGgtacttgagt ... aaatgtgcagATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGA
EST: gi|208349448|gb|DC921936.1|DC921936
EST:     ATATGAAGGAATTGGCTGCCACTGGATTCATGTCGAATCGTGGACGTCAG                         ATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGA
genomic: ATATGAAGGAATTGGCTGCCACTGGATTCATGTCGAATCGTGGACGTCAGgtacttgagt ... aaatgtgcagATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGA
EST: gi|37823251|gb|BJ581317.1|BJ581317
EST:     ATATGAAGGAATTGGCTGCCACTGGATTCATGTCGAATCGTGGACGTCAG                         ATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGA
genomic: ATATGAAGGAATTGGCTGCCACTGGATTCATGTCGAATCGTGGACGTCAGgtacttgagt ... aaatgtgcagATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGA
EST: gi|162236499|gb|FC413074.1|FC413074
EST:     ATATGAAGGAATTGGCTGCCACTGGATTCATGTCGAATCGTGGACGTCAG                         ATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGA
genomic: ATATGAAGGAATTGGCTGCCACTGGATTCATGTCGAATCGTGGACGTCAGgtacttgagt ... aaatgtgcagATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 7

ATATCCACTCATTGATGCTAATATGAAGGAATTGGCTGCCACTGGATTCATGTCGAATCGTGGACGTCAGgtacttgagt ... aaatgtgcagATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGAGGCGAGTGGTTTGAGACGTGCCTTCTCGATTATGATCCTTGCTCAAATT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatttttgtgcaagtacagacctaattgcttctaggtccttcaaaaatgtgcagATTGTATGCTCTTTCCTTGTTCGTGACCTAGGTTTAGATTGGAGAATGGGAGGCGAGTGGTTTGAGACGTGCCTTCTCGATTATGATCCTTGCTCAAATT
                    acctaat  putative branch site (score: 7)
                                        ttcaaaaat  TA-rich tract