Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtcttcagttgttgaatcattggattagtttgatgtgtttttttacctactattagtaccaccaattttatgtgcaaagcaattagtactgtacttcaccttcaagtagcaagaggaacctgtgagtgcggatgtattaaggcgagacatggcggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCACATTCTGCTCTGCTCTAGGAGCTCTCGTTGCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S395_48V6.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162266124|gb|FC441873.1|FC441873
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
EST: gi|67695081|gb|BJ955314.1|BJ955314
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
EST: gi|37840015|gb|BJ598023.1|BJ598023
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTNTATTGGTGTTAACTCGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATNGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
EST: gi|37844029|gb|BJ602037.1|BJ602037
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
EST: gi|162260621|gb|FC436625.1|FC436625
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
EST: gi|162280061|gb|FC456455.1|FC456455
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
EST: gi|18336282|gb|BJ168304.1|BJ168304
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
EST: gi|162266125|gb|FC441874.1|FC441874
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
EST: gi|37840487|gb|BJ598495.1|BJ598495
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
EST: gi|162280060|gb|FC456454.1|FC456454
EST:     TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAG                         TTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC
genomic: TTGCTGGATGCTGCCAAAGAGATGGAAGATTCTATTGGTGTTAACTTGAGgtttgtcttc ... ggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcaagaggaacctgtgagtgcggatgtattaaggcgagacatggcggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCACATTCTGCTCTGCTCTAGGAGCTCTCGTTGCAG
                       atgtattaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtcttcagttgttgaatcattggattagtttgatgtgtttttttacctactattagtaccaccaattttatgtgcaaagcaattagtactgtacttcaccttcaagtagcaagaggaacctgtgagtgcggatgtattaaggcgagacatggcggtgttgcagTTCAAGGCGTCTTGAGGTGAGCCGATTGGAGCTGTTGCTCCAAGTGGGCACATTCTGCTCTGCTCTAGGAGCTCTCGTTGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT