Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcatatttgaggatgacttttcacgtgaagttggtgagttcttggctgcttatttagatgatttgtttaaatgtccacgtggcatttatgagatctttacttatgaattcttttgcaaaaacagtgactgtttgactgtttgactgttcgttgacatagGAAGTAGATCCATGCGATGATTTAAACAACGATGATATACGAACAGCTATACAAAATGCTACCGGGCCCAAGAATGTACTTTTTGTACCCGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S187_100V6.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162149763|gb|FC325878.1|FC325878
EST:     GAGCCCGTATCCATTATATTTTTCAATCTATTTTTGTGAGAAGTTTGGAG                         GAAGTAGATCCATGCGATGATTTAAACAACGATGATATACGAACAGCTATA
genomic: GAGCCCGTATCCATTATATTTTTCAATCTATTTTTGTGAGAAGTTTGGAGgtaatcatat ... gttgacatagGAAGTAGATCCATGCGATGATTTAAACAACGATGATATACGAACAGCTATA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaattcttttgcaaaaacagtgactgtttgactgtttgactgttcgttgacatagGAAGTAGATCCATGCGATGATTTAAACAACGATGATATACGAACAGCTATACAAAATGCTACCGGGCCCAAGAATGTACTTTTTGTACCCGAG
                                            cgttgac  putative branch site (score: 4)
            aaaaaca  TA-rich tract