1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...taaagctgatgtttgagtctgaatattgatcttgtacactacagtaagatctttgtcactgatcttttctatcctcgggctctaatatgtgaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTGGAGCTCCAAATGAAGAAGAGACTTTGCAGTATGCCCGTGCTTTGATTG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S63_54V6.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|162235867|gb|FC412418.1|FC412418
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|18336575|gb|BJ168597.1|BJ168597
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|208364467|gb|DC958036.1|DC958036
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|37846736|gb|BJ604744.1|BJ604744
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|22492495|gb|BU052418.1|BU052418
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|37849163|gb|BJ607171.1|BJ607171
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: GGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|37841322|gb|BJ599330.1|BJ599330
genomic: GGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|67697641|gb|BJ957874.1|BJ957874
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|208385420|gb|DC956632.1|DC956632
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|37845681|gb|BJ603689.1|BJ603689
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTEST: gi|162162206|gb|FC337988.1|FC337988
genomic: TTTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
EST: CAGTGTCATTTACGCTGATACT GTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
genomic: CAGTGTCATTTACGCTGATACTgtaagttgac ... gaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGT
aagatctttgtcactgatcttttctatcctcgggctctaatatgtgaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTGGAGCTCCAAATGAAGAAGAGACTTTGCAGTATGCCCGTGCTTTGATTG
ctctaat putative branch site (score: 3)
taatatgtgaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaagctgatgtttgagtctgaatattgatcttgtacactacagtaagatctttgtcactgatcttttctatcctcgggctctaatatgtgaatttgtagGTCGGGGATCTTGGTTATGCACACGAGCTTGGCAATTATGCTGAGTACAGTGGAGCTCCAAATGAAGAAGAGACTTTGCAGTATGCCCGTGCTTTGATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA