Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagggatgcatctgaattagacattaattaagttgtgtaaacatagacatttgtggatcttactaccctttgaatgggttgctgattgtatgcgaacacaatgcatgcgctcacagtgtttattgacgatctttttgacagATATGGTTTCTATGGAGATGTGATGAGGGAAAGCGAGGAATTACGGTGGATGGGTCCTGCTCGTTATGATATTGCAGGCTGTATGGTCTTCTTAAAACAC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S48_58V6.4
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162175607|gb|FC350999.1|FC350999
EST:     GCGTCACCAGATGAGAAGCCTGAAGTTCGTTATGCAGCATCGTTTGCTGG                         ATATGGTTTCTATGGAGATGTGATGAGGGAAAGCGAGGAATTACGGTGGAT
genomic: GCGTCACCAGATGAGAAGCCTGAAGTTCGTTATGCAGCATCGTTTGCTGGgtagggatgc ... tttttgacagATATGGTTTCTATGGAGATGTGATGAGGGAAAGCGAGGAATTACGGTGGAT
EST: gi|162162445|gb|FC339189.1|FC339189
EST:     GCGTCACCAGATGAGAAGCCTGAAGTTCGTTATGCAGCATCGTTTGCTGG                         ATATGGTTTCTATGGAGATGTGATGAGGGAAAGCGAGGAATTACGGTGGAT
genomic: GCGTCACCAGATGAGAAGCCTGAAGTTCGTTATGCAGCATCGTTTGCTGGgtagggatgc ... tttttgacagATATGGTTTCTATGGAGATGTGATGAGGGAAAGCGAGGAATTACGGTGGAT
EST: gi|162222445|gb|FC398011.1|FC398011
EST:     GCATCGTTTGCTGG                         ATATGGTTTCTATGGAGATGTGATGAGGGAAAGCGAGGAATTACGGTGGAT
genomic: GCATCGTTTGCTGGgtagggatgc ... tttttgacagATATGGTTTCTATGGAGATGTGATGAGGGAAAGCGAGGAATTACGGTGGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatgcgaacacaatgcatgcgctcacagtgtttattgacgatctttttgacagATATGGTTTCTATGGAGATGTGATGAGGGAAAGCGAGGAATTACGGTGGATGGGTCCTGCTCGTTATGATATTGCAGGCTGTATGGTCTTCTTAAAACAC
                                  tattgac  putative branch site (score: 2)
                                           tcttttt  putative PPT
                              tgtttatt  TA-rich tract