Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagaaaaaaatgtttcctcctttatttctgcacatttttaacagctatctcctgattttacttccagtggcttacaaggaaatattgtaactgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAACAGACGCAGCTCTTGAAAGATGCAGCAGAGATGGGGGCTGTAACTGTAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S47_18V6.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162190447|gb|FC365669.1|FC365669
EST:     GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: gi|162209036|gb|FC385588.1|FC385588
EST:     GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: gi|162167335|gb|FC342323.1|FC342323
EST:     GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: gi|162158872|gb|FC335395.1|FC335395
EST:     GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: gi|162190446|gb|FC365668.1|FC365668
EST:     TACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: TACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: gi|162169730|gb|FC345267.1|FC345267
EST:     GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: gi|37843775|gb|BJ601783.1|BJ601783
EST:     ATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: ATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: gi|162167336|gb|FC342324.1|FC342324
EST:     GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: GTACCTCTATTGGGATGGAGCCTGAAGTCACTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: gi|18336041|gb|BJ168063.1|BJ168063
EST:     TCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: TCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
EST: gi|162172645|gb|FC348026.1|FC348026
EST:     CTAGGTCCCCGATTCACAAG                         GATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA
genomic: CTAGGTCCCCGATTCACAAGgttggtttct ... ctgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatctcctgattttacttccagtggcttacaaggaaatattgtaactgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAACAGACGCAGCTCTTGAAAGATGCAGCAGAGATGGGGGCTGTAACTGTAA
                                       ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                  aaatattgtaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gagaaaaaaatgtttcctcctttatttctgcacatttttaacagctatctcctgattttacttccagtggcttacaaggaaatattgtaactgtgcctagGATGCTTTGAGTGCATATGCTTTGGTGTTTGATGCTGTCTACACGCCAAAACAGACGCAGCTCTTGAAAGATGCAGCAGAGATGGGGGCTGTAACTGTAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG