Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtttttgtcgattttcgatgggacagattgtgtttgttgaattggtcatgtttgggatacttatggtattgaactcttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S309_73V6.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S309_73V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g07490.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtaggtttttgtcgattttcgatgggacagattgtgtt-tgttgaattggtcatgtttgggatacttatggtattgaactcttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG
||| ||  || | ||| | |   |    | |||||||| || | ||  ||   || |||  |||  |      ||   |   |    |||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   ||||       ||  | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
gtaagtacttctagatgtac--cgatgtaaattgtgttgtgctcaaaagggagtggttgacataactgcccctttctgcatat----cagGTCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGTATTGGACTGAGCTCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG

upper sequence: PP1S309_73V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G051004_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
gtaggtttttgtcgattttcgatgggacagattgtgtttgttgaattggtcatgtttgggatacttatggtattgaactcttgata-cagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG
    ||   |       | |  ||    |   |   ||||     | ||   ||    ||   || ||   ||||   |||  ||| |||||| |||||||| ||||||||||| || || |   ||||       ||  | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
----gtgactacttcaatccagtgacgtaacctaattttgccctgtggg--gtgggaaggtagctgat--cattgccttctgtatatcagGTCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGTATCGGACTGAGCTCTTCTTTCATGAAGCTTGTGTCTTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG

upper sequence: PP1S309_73V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G104632_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
gtaggtttttgtcgattttcgatgggacag-attgtgtttgttgaattggtcatgtttgggatacttatggtattgaactcttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG
||   | ||| |       ||| |  ||   ||| ||     ||| ||||  ||||    || |    |   ||||   |  |    |||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   ||||       ||  | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
gtgactattt-tgatccagcgacgcaaccttattttggcctgtgagttgga-atgtagctgaaatcactatcattgcctttgtatatcagGTCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGTATTGGACTGAGCTCTTCCTTCATGAAGCTCGTGTCTTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG

upper sequence: PP1S309_73V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
---gtaggtttttgtcgattttcgatgggacagattgtgtttgtt-gaattggtcatgtttgggat-----acttatg-gtattgaactcttga-tacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG
    |     ||  |   | ||      |  ||| | |  |  || | ||   | ||  ||    |     |||| |    | |||| ||||   | |||||| || ||||| ||||||||||| || |||||  | ||||     ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||
aaattgaaccttcatttctctttccctagttagaatttactcatttggatgtattattatttaagtaaatgacttgttcaaaatgaattcttttctccagGTCAAGTATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCACTAAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG

upper sequence: PP1S309_73V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA16G09020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
--------gtaggtttttgtcgattttcgatgggacagattgtgtttgtt-gaattggtcatgtttgggatacttatg-gtattgaactcttga-tacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG
         |     ||  |   | ||      |  | | | |  |  || | ||   | || | ||  ||| ||||    | |||| ||||   | ||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||  | ||||     ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||
taagaaaactgaaccttcatttctctttccctagctaaaatttactcatttggatgtattatttgtgaaataattattcaaaatgaattcttttctccagGTCGAGTATCTTTGATGCTAAGGCTGGCATTGCGCTTAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG

upper sequence: PP1S309_73V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
lower sequence: EFJ32914 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 11
gtaggtttttgtcgattttcgatgggacagattgtgtttgttgaattggtcatgtttgggatacttatggtattgaactcttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG
                                       ||   | |   |  | |     ||     |  | ||     |||   ||||||||||||||| || ||    || |||||| | |||||  | |  || |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||
---------------------------------------gtatgaatcacctagatgaatctaagccggaaactgtgggtttgtgccagGTCGAGCATCTTTGACGCTGCTGCTGGAATTCCATTGAGCAAAAGCTTCGTCAAGCTCGTGGCGTGGTATGACAACGAATGGGGATACAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208386569|gb|DC952764.1|DC952764
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67579087|gb|BJ951238.1|BJ951238
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|15590664|gb|BI675280.1|BI675280
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|18337239|gb|BJ169263.1|BJ169263
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67727324|gb|BJ977583.1|BJ977583
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208372490|gb|DC948730.1|DC948730
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208374872|gb|DC956145.1|DC956145
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67727955|gb|BJ978214.1|BJ978214
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208389192|gb|DC945768.1|DC945768
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67720368|gb|BJ970627.1|BJ970627
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|18336858|gb|BJ168881.1|BJ168881
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|37848736|gb|BJ606744.1|BJ606744
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208369274|gb|DC956065.1|DC956065
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67727959|gb|BJ978218.1|BJ978218
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|162152341|gb|FC328528.1|FC328528
EST:     GGTTACACTGAGGATGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208367067|gb|DC947801.1|DC947801
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208373126|gb|DC948891.1|DC948891
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67723914|gb|BJ974173.1|BJ974173
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208371298|gb|DC944462.1|DC944462
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67724745|gb|BJ975004.1|BJ975004
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|37821494|gb|BJ579560.1|BJ579560
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|37841593|gb|BJ599601.1|BJ599601
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|162182183|gb|FC358198.1|FC358198
EST:     GGTTACACTGAGGATGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67725323|gb|BJ975582.1|BJ975582
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208393917|gb|DC946127.1|DC946127
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67725153|gb|BJ975412.1|BJ975412
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGC
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67726807|gb|BJ977066.1|BJ977066
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|162182184|gb|FC358199.1|FC358199
EST:     GGTTACACTGAGGATGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|37851285|gb|BJ609293.1|BJ609293
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67725858|gb|BJ976117.1|BJ976117
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208388488|gb|DC957070.1|DC957070
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208394113|gb|DC957194.1|DC957194
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|162268831|gb|FC445679.1|FC445679
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67726975|gb|BJ977234.1|BJ977234
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|18341731|gb|BJ173766.1|BJ173766
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|18340751|gb|BJ172782.1|BJ172782
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208351393|gb|DC921754.1|DC921754
EST:     GGTTATACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|162278138|gb|FC454373.1|FC454373
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208367555|gb|DC955702.1|DC955702
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|18341223|gb|BJ173256.1|BJ173256
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67723807|gb|BJ974066.1|BJ974066
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|208389399|gb|DC953237.1|DC953237
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67694183|gb|BJ954416.1|BJ954416
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT
EST: gi|67724801|gb|BJ975060.1|BJ975060
EST:     GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAG                         GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAGGTTTGT
genomic: GGTTACACTGAGGACGATGTTGTTTCGAACGACTTTGTTGGTGATGCTAGgtaggttttt ... cttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtttgttgaattggtcatgtttgggatacttatggtattgaactcttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG
                                            tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                           ctctt  CT-rich tract
                          atacttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggtttttgtcgattttcgatgggacagattgtgtttgttgaattggtcatgtttgggatacttatggtattgaactcttgatacagGTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG