Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttcttaagcagatctactagagataatcagagactagaaaagtggtaatttgtgtctatcgattattgctgtggtaaattgctagagaaacacgactcaaatttatatctggtttaaccttgacttgggcttgtctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCTTAAGAACTTCGATCTCAACAGCACCGAGGTCAAGCAACAATTTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S110_13V6.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37835216|gb|BJ593228.1|BJ593228
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|37850772|gb|BJ608780.1|BJ608780
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162248204|gb|FC423667.1|FC423667
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162179084|gb|FC356485.1|FC356485
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162179083|gb|FC356484.1|FC356484
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|37824986|gb|BJ583052.1|BJ583052
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|37853301|gb|BJ611309.1|BJ611309
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGNT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|208395403|gb|DC924471.1|DC924471
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162176402|gb|FC353587.1|FC353587
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162184457|gb|FC359203.1|FC359203
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162166027|gb|FC340423.1|FC340423
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|37836231|gb|BJ594239.1|BJ594239
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|208349470|gb|DC921944.1|DC921944
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACANTTGCAAGATATGCT                         GAATNGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162169704|gb|FC345241.1|FC345241
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162183778|gb|FC360695.1|FC360695
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162183777|gb|FC360694.1|FC360694
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|162244160|gb|FC419811.1|FC419811
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
EST: gi|208396401|gb|DC920067.1|DC920067
EST:     GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCT                         GAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT
genomic: GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 28 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 18

GGATGATGCAAAACCCTCAGTATCGGCAACAATTGCAAGATATGCTgtaagtttct ... tctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCTTAAGAACTTCGATCTCAACAGCACCGAGGTCAAGCAACAATTTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacacgactcaaatttatatctggtttaaccttgacttgggcttgtctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCTTAAGAACTTCGATCTCAACAGCACCGAGGTCAAGCAACAATTTG
                                         cttgtct  CT-rich tract
      actcaaatttatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtttcttaagcagatctactagagataatcagagactagaaaagtggtaatttgtgtctatcgattattgctgtggtaaattgctagagaaacacgactcaaatttatatctggtttaaccttgacttgggcttgtctactacagGAATAGCATGGGCGGAGATGGTGCTTGGGACAACCGCATGTCGGACATGCTTAAGAACTTCGATCTCAACAGCACCGAGGTCAAGCAACAATTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA