Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttggttagcatttccctccagaccaacaagtcatgcttagtgaaagatgtgattgcttcctaaacttcaagaatctcaaagttgttgttcatgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGGATACAACAAGGGTGACATTGGAAAGCTGTTCATAGCTGGATTTGGATC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S8_271V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162186225|gb|FC362157.1|FC362157
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|162171811|gb|FC348454.1|FC348454
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|100439125|gb|BY980106.1|BY980106
EST:     TTTCAATGCCTTCAGGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGNACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|18345622|gb|BJ177665.1|BJ177665
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|162274080|gb|FC450152.1|FC450152
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|208393132|gb|DC929627.1|DC929627
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|100398602|gb|BY972695.1|BY972695
EST:     TTTCAATGCCTTCGAGAACGACTACCTAGCTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATACGAGTACGCTCTCTATGACTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|208400682|gb|DC904860.1|DC904860
EST:     TTTCAATGCCCTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|208354572|gb|DC934272.1|DC934272
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|100362618|gb|BY947443.1|BY947443
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|18345620|gb|BJ177663.1|BJ177663
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|18370368|gb|BJ201970.1|BJ201970
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|100440733|gb|BY980553.1|BY980553
EST:     TTNCA-TGCCTTCAGGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TT-CAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|208370329|gb|DC931741.1|DC931741
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|100389402|gb|BY988880.1|BY988880
EST:     TTTCAATGCCTTCATGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
EST: gi|162187639|gb|FC364096.1|FC364096
EST:     TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGG                         CGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG
genomic: TTTCAATGCCTTCAAGAACAACTACCTAGTTGTGTACTCGCTTATGATGGgtaactagtt ... atgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatgtgattgcttcctaaacttcaagaatctcaaagttgttgttcatgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGGATACAACAAGGGTGACATTGGAAAGCTGTTCATAGCTGGATTTGGATC
            tcctaaa  putative branch site (score: 2)
               taaactt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttggttagcatttccctccagaccaacaagtcatgcttagtgaaagatgtgattgcttcctaaacttcaagaatctcaaagttgttgttcatgtttgcagCGGGAGACTGGCTGCAGGGACCATATGTGTACGCTCTCTATGTCTTTTATGGATACAACAAGGGTGACATTGGAAAGCTGTTCATAGCTGGATTTGGATC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA