Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtttcgtgctcctcgtcgatgttcttccataggttatgattttgccgatgattcgtcatctgggtttgatttttctgatgcgttgcaaatggtgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGTACTGCGATCGCCAACAAAAAAGCCAACGGGAACCTAAATTTGCTAGGAT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S76_20V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208377714|gb|DC932250.1|DC932250
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGATGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208367167|gb|DC935967.1|DC935967
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208360091|gb|DC939339.1|DC939339
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208391086|gb|DC933459.1|DC933459
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208363890|gb|DC943347.1|DC943347
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208390316|gb|DC942039.1|DC942039
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208353634|gb|DC938743.1|DC938743
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208370852|gb|DC936890.1|DC936890
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208390998|gb|DC929317.1|DC929317
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTANTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208386873|gb|DC941577.1|DC941577
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208359616|gb|DC943172.1|DC943172
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACGGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208390907|gb|DC942225.1|DC942225
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208363449|gb|DC935242.1|DC935242
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208370092|gb|DC940385.1|DC940385
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208392065|gb|DC941913.1|DC941913
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208389268|gb|DC933296.1|DC933296
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208356993|gb|DC930023.1|DC930023
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208355855|gb|DC930218.1|DC930218
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208368624|gb|DC939975.1|DC939975
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208386377|gb|DC937044.1|DC937044
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208388702|gb|DC941515.1|DC941515
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208357532|gb|DC934054.1|DC934054
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208357187|gb|DC942765.1|DC942765
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208392541|gb|DC933941.1|DC933941
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208393397|gb|DC942495.1|DC942495
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208367243|gb|DC939815.1|DC939815
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208390857|gb|DC942203.1|DC942203
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208363630|gb|DC939793.1|DC939793
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208363344|gb|DC943566.1|DC943566
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208368474|gb|DC935997.1|DC935997
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208371052|gb|DC931540.1|DC931540
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208391100|gb|DC938130.1|DC938130
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208363854|gb|DC943311.1|DC943311
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208389585|gb|DC929468.1|DC929468
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208372919|gb|DC940550.1|DC940550
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208372997|gb|DC940628.1|DC940628
EST:     GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
EST: gi|208369539|gb|DC936315.1|DC936315
EST:     GGGAATCCTGTCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATG                         GCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT
genomic: GGGAATCCTATCGAATTGGTGGCGCATCATATGACAGGGTGCTTCGAATGgtagtttcgt ... tgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgattcgtcatctgggtttgatttttctgatgcgttgcaaatggtgattgacagGCCGGAGCCGAGTTGATTGCGGTGTTTCTCGTTATGTTTAGTTCATGTGGTACTGCGATCGCCAACAAAAAAGCCAACGGGAACCTAAATTTGCTAGGAT
                         ttctgat  putative branch site (score: 3)
                 tttgattttt  TA-rich tract