Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcagaagaatctgtcgacgtgaagtgtattcgtgtcattgggcccgccgcttgactaaccaacatgtaaacatgtcggtgtgtgtcgtttgagtgtgcagCATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTGCACCTTGCGCTGTTGCTTCCGTGGACCTGCGGTGGTGTGCCGCTCTGTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S6_67V6.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18342601|gb|BJ174636.1|BJ174636
EST:     GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATG                         CATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
genomic: GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATGgtaagattaa ... gagtgtgcagCATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
EST: gi|18348224|gb|BJ180271.1|BJ180271
EST:     GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATG                         CATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
genomic: GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATGgtaagattaa ... gagtgtgcagCATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
EST: gi|18343041|gb|BJ175078.1|BJ175078
EST:     GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATG                         CATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
genomic: GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATGgtaagattaa ... gagtgtgcagCATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
EST: gi|208397697|gb|DC908584.1|DC908584
EST:     GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATG                         CATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
genomic: GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATGgtaagattaa ... gagtgtgcagCATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
EST: gi|18354864|gb|BJ186923.1|BJ186923
EST:     GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATG                         CATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
genomic: GTAGGCTATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATGgtaagattaa ... gagtgtgcagCATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
EST: gi|162152982|gb|FC329284.1|FC329284
EST:     ATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATG                         CATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG
genomic: ATACCGGCCACCAGTTTGCACGCTGCTGCCGTTCTGTTACATGgtaagattaa ... gagtgtgcagCATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gccgcttgactaaccaacatgtaaacatgtcggtgtgtgtcgtttgagtgtgcagCATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTGCACCTTGCGCTGTTGCTTCCGTGGACCTGCGGTGGTGTGCCGCTCTGTG
       gactaac  putative branch site (score: 1)
                  atgtaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcagaagaatctgtcgacgtgaagtgtattcgtgtcattgggcccgccgcttgactaaccaacatgtaaacatgtcggtgtgtgtcgtttgagtgtgcagCATGGGGGGCTAAGCTTACAGTTACTTTGCTTTGATTAAGCTATGTTTCTGCACCTTGCGCTGTTGCTTCCGTGGACCTGCGGTGGTGTGCCGCTCTGTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT