1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...agaggatccatgtgcttcacttctagttggacagcttctgggtctcgtgtagcttggaagtgtattctaatgacgattgtgttttctcgtggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCCAAGTTTACCGCCTCTTTATTCAGCAATCTCTCAATCTCGGACAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S6_398V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACGGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|100389028|gb|BY952232.1|BY952232
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|18365302|gb|BJ197376.1|BJ197376
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGEST: gi|100390626|gb|BY971381.1|BY971381
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGG
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGGACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGGCGAAGTGTTTGCCTTGGCEST: gi|162202961|gb|FC380346.1|FC380346
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCCEST: gi|100372986|gb|BY949382.1|BY949382
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGGACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|162162996|gb|FC338178.1|FC338178
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCCEST: gi|162262874|gb|FC440008.1|FC440008
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|100359486|gb|BY984278.1|BY984278
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|100418302|gb|BY957354.1|BY957354
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAGGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|100362928|gb|BY947599.1|BY947599
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|100389015|gb|BY952219.1|BY952219
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGGCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|162176291|gb|FC352748.1|FC352748
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCCEST: gi|100387014|gb|BY951413.1|BY951413
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|100401895|gb|BY973112.1|BY973112
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|162193845|gb|FC369227.1|FC369227
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCCEST: gi|208372162|gb|DC936940.1|DC936940
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|100400571|gb|BY954541.1|BY954541
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: TGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGGCGAAGTGTCTGCCTTTGCEST: gi|18355211|gb|BJ187270.1|BJ187270
genomic: TGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTT-GGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTT-GC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGAEST: gi|100360398|gb|BY984107.1|BY984107
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGA
EST: TGCCCATGGTTGGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCCTGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTGGCCEST: gi|162160190|gb|FC337087.1|FC337087
genomic: TGCCCATGTTTGGGG-TGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTTGCACNCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCCEST: gi|100414540|gb|BY992822.1|BY992822
genomic: GTTGCAC-CTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|18366828|gb|BJ198908.1|BJ198908
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGATGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|18349367|gb|BJ181416.1|BJ181416
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGEST: gi|100448897|gb|CJ973196.1|CJ973196
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGG
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGEST: gi|100405466|gb|BY955539.1|BY955539
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAG
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|100377514|gb|BY986282.1|BY986282
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
cgtgtagcttggaagtgtattctaatgacgattgtgttttctcgtggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCCAAGTTTACCGCCTCTTTATTCAGCAATCTCTCAATCTCGGACAG
ttctaat putative branch site (score: 2)
tattctaat TA-rich tract