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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tccatcactctccttacggcgtctgaattgacctaccagtttctttgccgacatggtgatcttgaaaagcttggctcatgtttcggtgtggcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGGTATCCTCGCCAACAAAGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S55_204V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S55_204V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os10g22450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
---------------------------------------------------------------------------------------------------tccatcactctccttacggcgtctgaattgacctaccagtttctttgccgacatggtgatcttgaaaagcttggctcatgt-ttcggtgtggcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGGTATCCTCGCCAACAAAGA
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gtactacgcatgtataattaaacacgaaatgctagctgctcatctttcttctcatcttgttgatgagatgagacgatcgatggagaggaattttgaaattgggtagtagtacctgtttgtttttcacttaattacttaattgtgt-tcgatttgattaacttttggagtt--gtttatgtatgcaatggatgaaatgcagGGTGATGCTGGTTGGATGGGGAGGCAACAACGGCACCACGCTCACGGCTGGTGTCATCGCCAACAGAGA

upper sequence: PP1S55_204V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G155242_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
tccatcactctccttacggcg---tctgaattgacctaccagtttctttgccgacatggtgatcttgaaaagcttggctcatgtttcggtgtggcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGGTATCCTCGCCAACAAAGA
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--tgttgc-ctacgtgcagctcgttgtgtgttatggtgtcaggctgtcagccgcttgtctctgtctgacggatgatgccaacttttctgttctggtggtgcagGGTGATGCTTGTGGGGTGGGGAGGCAACAACGGGTCCACGCTGACGGCTGGGGTCATTGCCAACAGGGA

upper sequence: PP1S55_204V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: EDP05930 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 1
--------------tccatcactctccttacggcgtctgaattgacctacc--agtttctttgccgacatggtgat---cttgaaaagcttggctcatgtttcg---gtgtggcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGGTATCCTCGCCAACAAAGA
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gtaagtgtagtgtagacagcgcacacttgccgccgacgcgacgaccgagccgcggctgtgttgtgaacccgggggggcgctgtaagggcttcgcttcaactctgcctacctcccccgcgcagTGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGGTATCCTGGCCAACAAGCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18374961|gb|BJ206539.1|BJ206539
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
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EST: gi|18374967|gb|BJ206545.1|BJ206545
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTG
EST: gi|162277484|gb|FC453427.1|FC453427
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
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EST: gi|162185828|gb|FC362384.1|FC362384
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
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EST: gi|40781590|gb|AJ583520.1|AJ583520
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EST: gi|18368590|gb|BJ200675.1|BJ200675
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EST: gi|162155272|gb|FC331729.1|FC331729
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EST: gi|100367888|gb|BY984805.1|BY984805
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
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EST: gi|18372361|gb|BJ203963.1|BJ203963
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
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EST: gi|162194084|gb|FC370259.1|FC370259
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EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
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EST: gi|18368470|gb|BJ200555.1|BJ200555
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EST: gi|100432324|gb|BY960427.1|BY960427
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genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|208379825|gb|DC911710.1|DC911710
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|162158410|gb|FC334205.1|FC334205
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|18356876|gb|BJ188935.1|BJ188935
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
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EST: gi|162172410|gb|FC349079.1|FC349079
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|18372538|gb|BJ204140.1|BJ204140
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|18366369|gb|BJ198448.1|BJ198448
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|162197484|gb|FC372862.1|FC372862
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
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EST: gi|67570982|gb|BJ943806.1|BJ943806
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|100385667|gb|BY987732.1|BY987732
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|18350432|gb|BJ182483.1|BJ182483
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|18358768|gb|BJ190827.1|BJ190827
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|18361246|gb|BJ193311.1|BJ193311
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|100417526|gb|BY975525.1|BY975525
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|18374438|gb|BJ206016.1|BJ206016
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
genomic: AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGGgtatggtgcc ... gcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
EST: gi|100364006|gb|BY966279.1|BY966279
EST:     AAGTCCGTGCCATACCAATTTGCCACTCAGCGCAAGGTGCCTAAGCTGGG                         AATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGG
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EST: gi|162256553|gb|FC432863.1|FC432863
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgccgacatggtgatcttgaaaagcttggctcatgtttcggtgtggcctttgcagAATGATGCTCGTCGGTTGGGGTGGCAACAACGGGTCCACTCTCACGGCTGGTATCCTCGCCAACAAAGA
                                              cctttgc  CT-rich tract
                ttgaaaa  TA-rich tract