1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tttacgtgattacggggatatcgttcatttggatatgtagctgttactgatgaagtgacggtcaatgggctggattttgggctttatcttatgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTGGGTACATGTCCAGTGCGACAAATAGGAGGCTGCTCTTTTTTGTACATG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S54_156V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|18368320|gb|BJ200405.1|BJ200405
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|162280315|gb|FC456332.1|FC456332
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|18342109|gb|BJ174144.1|BJ174144
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|100404582|gb|BY973650.1|BY973650
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|18343908|gb|BJ175946.1|BJ175946
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|100407280|gb|BY974093.1|BY974093
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACTAAAGATCTEST: gi|208385555|gb|DC937100.1|DC937100
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|100429936|gb|BY978164.1|BY978164
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|67570741|gb|BJ943565.1|BJ943565
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|18326259|gb|BJ158258.1|BJ158258
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|67572605|gb|BJ945429.1|BJ945429
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|208361334|gb|DC935063.1|DC935063
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|100384770|gb|BY950760.1|BY950760
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|162223092|gb|FC399983.1|FC399983
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|100407158|gb|BY974039.1|BY974039
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|18327379|gb|BJ159381.1|BJ159381
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCANACAAAAGATCTEST: gi|100387570|gb|BY988441.1|BY988441
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|67578518|gb|BJ950685.1|BJ950685
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|18328150|gb|BJ160154.1|BJ160154
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|208393441|gb|DC904059.1|DC904059
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|100415400|gb|BY975297.1|BY975297
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|100450131|gb|CJ974109.1|CJ974109
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|100450358|gb|CJ974223.1|CJ974223
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|18363805|gb|BJ195877.1|BJ195877
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTEST: gi|100364351|gb|BY984569.1|BY984569
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
EST: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGG AGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
genomic: AACCTTCGAGGAGATGTGCTCATCAACCGGTTGTACCGGGATGATGTGGGgtatgcctgc ... atgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCT
actgatgaagtgacggtcaatgggctggattttgggctttatcttatgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTGGGTACATGTCCAGTGCGACAAATAGGAGGCTGCTCTTTTTTGTACATG
tactgat putative branch site (score: 14)
tttatcttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttacgtgattacggggatatcgttcatttggatatgtagctgttactgatgaagtgacggtcaatgggctggattttgggctttatcttatgtacgcagAGGCAACATGGTGGATGCTTTTCGCACCCACATTATGCAGACAAAAGATCTGGGTACATGTCCAGTGCGACAAATAGGAGGCTGCTCTTTTTTGTACATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT