1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...actttgacgatgatttttgtagtatgattcgtgcttgtgtgatcgcagtgaattctgcgtactggccttgactcttttttttatttgcttgtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGGCACGGACATGGAGCTCCTGGGTTTTGGTCACGACGCTAGTAGTGTTTG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S49_289V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGEST: gi|162156192|gb|FC332567.1|FC332567
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGEST: gi|100430914|gb|BY959933.1|BY959933
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGEST: gi|100422753|gb|BY957983.1|BY957983
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGEST: gi|100378919|gb|BY986483.1|BY986483
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGEST: gi|18347724|gb|BJ179771.1|BJ179771
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGEST: gi|100353366|gb|BY964770.1|BY964770
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGEST: gi|162158209|gb|FC335252.1|FC335252
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
EST: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTG AATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
genomic: AGGGATCTGTTGCGGTGGGATTGCAGTTGGATGGGACGAATTTTGATGTGgtatgattat ... gtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATG
cagtgaattctgcgtactggccttgactcttttttttatttgcttgtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGGCACGGACATGGAGCTCCTGGGTTTTGGTCACGACGCTAGTAGTGTTTG
ccttgac putative branch site (score: 4)
ctcttttttttatttg CT-rich tract
actcttttttttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actttgacgatgatttttgtagtatgattcgtgcttgtgtgatcgcagtgaattctgcgtactggccttgactcttttttttatttgcttgtttgtgtagAATTTGAAGCTTAATTCGGTCGAGTCTGAAGGGTGGGTAGTGTTGGTTATGGCACGGACATGGAGCTCCTGGGTTTTGGTCACGACGCTAGTAGTGTTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT