1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tttcacgtgttcaagagggacccaaagtaagtatttggattatttgctcaaagctcatagatcgttatttatgcattgaaaactttattcatgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGGATATGACAAAGGTGACATTGGCAAGCTGTTTATTGCTGGATTTGGTTC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S44_143V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGEST: gi|162236254|gb|FC412010.1|FC412010
genomic: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGGgtaagaaaaa ... atgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATG
EST: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGEST: gi|67508186|gb|BJ941057.1|BJ941057
genomic: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGGgtaagaaaaa ... atgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATG
EST: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGEST: gi|67569206|gb|BJ942030.1|BJ942030
genomic: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGGgtaagaaaaa ... atgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATG
EST: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGEST: gi|18372069|gb|BJ203671.1|BJ203671
genomic: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGGgtaagaaaaa ... atgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATG
EST: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGEST: gi|162186751|gb|FC362787.1|FC362787
genomic: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGGgtaagaaaaa ... atgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATG
EST: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGEST: gi|18364121|gb|BJ196194.1|BJ196194
genomic: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGGgtaagaaaaa ... atgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATG
EST: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGEST: gi|18351372|gb|BJ183424.1|BJ183424
genomic: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGGgtaagaaaaa ... atgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATG
EST: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGG CGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATG
genomic: TTTCAATGCATTCAAGAACAACTATCTGGTGGTCTACTCGCTCATGATGGgtaagaaaaa ... atgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATG
gctcaaagctcatagatcgttatttatgcattgaaaactttattcatgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGGATATGACAAAGGTGACATTGGCAAGCTGTTTATTGCTGGATTTGGTTC
attgaaaactttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcacgtgttcaagagggacccaaagtaagtatttggattatttgctcaaagctcatagatcgttatttatgcattgaaaactttattcatgtgtgcagCGGGAGACTGGCTGCAAGGACCATATGTGTACGCTCTTTACGTCTTCTATGGATATGACAAAGGTGACATTGGCAAGCTGTTTATTGCTGGATTTGGTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA