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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtcgatcggtagttattccatgcgtttcgttggttgtgccagattccgtcggagctgtttctttctcggtgcatttcggtatcgatctcattttgtatggttttgaactttgtcggggttgagagttagatctgatgtgtgcattgtggtgcaattggcgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTTGATTTTAAGTGAGTGAGAGGTTGGAAAAAGGGAGGGCGGGGTAGGGCGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S42_100V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18364668|gb|BJ196741.1|BJ196741
EST:     NNNNNTCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: CCCCCTCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18350187|gb|BJ182238.1|BJ182238
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18347381|gb|BJ179427.1|BJ179427
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18355977|gb|BJ188036.1|BJ188036
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18364691|gb|BJ196764.1|BJ196764
EST:     NNNNNTCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: CCCCCTCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18344519|gb|BJ176560.1|BJ176560
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18365787|gb|BJ197865.1|BJ197865
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18355854|gb|BJ187913.1|BJ187913
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18363388|gb|BJ195460.1|BJ195460
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18361918|gb|BJ193985.1|BJ193985
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGGAGGGTGT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGA-GGGAGGGTGT
EST: gi|18348501|gb|BJ180550.1|BJ180550
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18374412|gb|BJ205990.1|BJ205990
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18365201|gb|BJ197275.1|BJ197275
EST:     TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: TCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
EST: gi|18367859|gb|BJ199942.1|BJ199942
EST:     NNNNNTCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAG                         GTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT
genomic: CCCCCTCGACCTCCGATCGCACGCTGCCCTTGCCACATTATCACATTCAGgtttgtcgat ... cgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cggggttgagagttagatctgatgtgtgcattgtggtgcaattggcgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTTGATTTTAAGTGAGTGAGAGGTTGGAAAAAGGGAGGGCGGGGTAGGGCGT
                atctgat  putative branch site (score: 4)
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtttgtcgatcggtagttattccatgcgtttcgttggttgtgccagattccgtcggagctgtttctttctcggtgcatttcggtatcgatctcattttgtatggttttgaactttgtcggggttgagagttagatctgatgtgtgcattgtggtgcaattggcgtgtcgcagGTTGTCTGTGATGGATGTTTGAAGGAGTGGTGGTAGGTGAGGGAGGGTGTTGATTTTAAGTGAGTGAGAGGTTGGAAAAAGGGAGGGCGGGGTAGGGCGT

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