Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggcacggtcccatgggccaagctcttttttcctcctactgtaagcgcgtctgtgaaggcttcatggtgttaaggactctccaggtttcgttgtgtgttatttgcatcttccgctgcccattctagactctctcccgcagccgttgtaaatcaatgtacccttgtatgtttcgcgttgcgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGAAAATGGTCTGCGTGCGGAATGCGAGGGCGAGGTCTGTGGGGAGTGTTCC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S407_7V6.3
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67717425|gb|BJ967684.1|BJ967684
EST:     AGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: AGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|18327268|gb|BJ159270.1|BJ159270
EST:     CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|100388601|gb|BY970749.1|BY970749
EST:     CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACATCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|162161524|gb|FC338731.1|FC338731
EST:     CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|18368288|gb|BJ200373.1|BJ200373
EST:     CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|18364681|gb|BJ196754.1|BJ196754
EST:     CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|18369465|gb|BJ201552.1|BJ201552
EST:     CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|18325312|gb|BJ157308.1|BJ157308
EST:     GTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: GTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|67574848|gb|BJ947672.1|BJ947672
EST:     GATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: GATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|18367201|gb|BJ199282.1|BJ199282
EST:     CCCANAGTCGATCGGANAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|18345047|gb|BJ177088.1|BJ177088
EST:     CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|67577876|gb|BJ950043.1|BJ950043
EST:     AGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGANTG                         NCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: AGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|18351963|gb|BJ184015.1|BJ184015
EST:     CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
EST: gi|67712636|gb|BJ966085.1|BJ966085
EST:     CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTG                         GCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA
genomic: CCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 25 (upstream exon), 31 (downstream exon)
Score: 2

CAAGTACCGAATGCTTTCCTCGCGTGCGTGCCCCCAGAGTCGATCGGAGAGCCCTGCATGGGCTGCTGCTGTTGAGAGATTGgtaaggcacg ... cgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGAAAATGGTCTGCGTGCGGAATGCGAGGGCGAGGTCTGTGGGGAGTGTTCC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccgcagccgttgtaaatcaatgtacccttgtatgtttcgcgttgcgttgagcagGCCGTGACCCCACGTCGGGTTGCTATGGAGCCGGTGCGTTCATGTTACTGAAAATGGTCTGCGTGCGGAATGCGAGGGCGAGGTCTGTGGGGAGTGTTCC
             taaatcaat  TA-rich tract