Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aactctgaatttccaatcagaggatacgtaattttatgaagttcattcacggaatttgttggatgtgtagtcactttgtaacttgtgataacttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTCAGAAACTCCTTTTTCCTTCGTGGCTCGTCCAATGCCAAGGCATCACCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S386_29V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100448638|gb|CJ972937.1|CJ972937
EST:     TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAG                         GGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
genomic: TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAGgtatttattc ... acttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
EST: gi|100412200|gb|BY956463.1|BY956463
EST:     TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAG                         GGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
genomic: TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAGgtatttattc ... acttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
EST: gi|162162250|gb|FC338032.1|FC338032
EST:     TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAG                         GGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
genomic: TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAGgtatttattc ... acttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
EST: gi|18365579|gb|BJ197656.1|BJ197656
EST:     TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAG                         GGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
genomic: TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAGgtatttattc ... acttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
EST: gi|67571003|gb|BJ943827.1|BJ943827
EST:     TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAG                         GGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
genomic: TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAGgtatttattc ... acttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
EST: gi|162154385|gb|FC330192.1|FC330192
EST:     TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAG                         GGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
genomic: TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAGgtatttattc ... acttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
EST: gi|18359765|gb|BJ191826.1|BJ191826
EST:     TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAG                         GGTTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTT
genomic: TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAGgtatttattc ... acttttacagGGTT-CGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTT
EST: gi|67574699|gb|BJ947523.1|BJ947523
EST:     TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAG                         GGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC
genomic: TCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAGgtatttattc ... acttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 13

CGCGGAATTTGGCCAACGCTCAACAATTGCAGCAAAAGTCACCTCCTGTTTCATGTAATTCACTAGCTGTGTCTCAGGTGGTGCTTGCCCAGCCTTCCAGgtatttattc ... acttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTCAGAAACTCCTTTTTCCTTCGTGGCTCGTCCAATGCCAAGGCATCACCAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcacggaatttgttggatgtgtagtcactttgtaacttgtgataacttttacagGGTTCGCGGTGGCTTGGTTTGTGGTTATGCTTCAAGCACATTCTTTGCTTCAGAAACTCCTTTTTCCTTCGTGGCTCGTCCAATGCCAAGGCATCACCAG
                                        tgataac  putative branch site (score: 13)
                                              cttttac  CT-rich tract
                                          ataactttta  TA-rich tract