1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...gcgcttagggtgtctcgttttttgctatttgctcgtgatattggaatctgcagccgactgaacaggtgtggaatttgtttgttgtggttgggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCCCTCGGAATCAAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S2_595V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAG TCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCEST: gi|162267261|gb|FC442673.1|FC442673
genomic: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAGgttagtgcac ... ggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGC
EST: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAG TCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCEST: gi|18365122|gb|BJ197196.1|BJ197196
genomic: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAGgttagtgcac ... ggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGC
EST: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAG TCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCEST: gi|18327442|gb|BJ159445.1|BJ159445
genomic: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAGgttagtgcac ... ggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGC
EST: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAG TCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCEST: gi|162182797|gb|FC359739.1|FC359739
genomic: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAGgttagtgcac ... ggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGC
EST: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAG TCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCEST: gi|18363581|gb|BJ195653.1|BJ195653
genomic: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAGgttagtgcac ... ggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGC
EST: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAG TCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCEST: gi|208349216|gb|DC906358.1|DC906358
genomic: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAGgttagtgcac ... ggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGC
EST: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAG TCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCEST: gi|18363832|gb|BJ195904.1|BJ195904
genomic: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAGgttagtgcac ... ggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGC
EST: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAG TCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGC
genomic: GCTGCAGCCATGGGGGACAGCCAGTACTCGTTCTCGCTTACCACCTTCAGgttagtgcac ... ggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGC
atctgcagccgactgaacaggtgtggaatttgtttgttgtggttgggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCCCTCGGAATCAAAG
aatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcgcttagggtgtctcgttttttgctatttgctcgtgatattggaatctgcagccgactgaacaggtgtggaatttgtttgttgtggttgggttgaacagTCCATCTGGGAAGCTGGTACAAATCGAGTATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCCCTCGGAATCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgaaca