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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacaattcaacgcgttcactttattgtggggagtatgtgattcttgtgtaagatccacgattgtatcatcacagaaattcctttcgagactaaccatgtttttggatagttgtctctcagCTTACAAGCATCGGAATCCTCCCACAGTTTGTCACATTCACACATGTGACTATGGATTCTGACAAGTACATCTGCGTGCGCGAGACATCGCCACAAAACA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S270_53V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S270_53V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G057576_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtacaattcaacgcgttcactttattgtggggagtatgtgattcttgtgtaagatccacgattgtatcatcacagaaattcctttcgagactaaccatgtttttggatagttgtc--tctcagCTTACAAGCATCGGAATCCTCCCACAGTTTGTCACATTCACACATGTGACTATGGATTCTGACAAGTACATCTGCGTGCGCGAGACATCGCCACAAAACA
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-------------------------------------gtaacaccttcgcca---cctcgtcctcctcttcttctccatccattcacccactgatcgt-tcgttgcttgcctgtcctccgcagCTCACCAGCCTGGGCATCGCGCCGCAGTTTGTCACGTTTACCCATGTCACCATGGAGTCGGAGAAGTACATCTGCGTCCGCGAGACCTCGCCGCAGAACA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatcacagaaattcctttcgagactaaccatgtttttggatagttgtctctcagCTTACAAGCATCGGAATCCTCCCACAGTTTGTCACATTCACACATGTGACTATGGATTCTGACAAGTACATCTGCGTGCGCGAGACATCGCCACAAAACA
                      gactaac  putative branch site (score: 1)
                                            ttgtctctc  putative PPT
                              atgttttt  TA-rich tract