1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ggagtagtttggaggagggaggctatggccccgaagtgagattggctgcattaattgcaagtgtggatggatgcgttcttattttccaagtgtggtgtagTGCAGTGCTGGAGCAGATTCTTTCCCCTCCGTTCTACGCAGCTTAGATTCACAACCTTGTTCCGGGTGCCATATTCTAGAGAATTTTCTGGGGAAAATAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S226_55V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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genomic: AAAGTTTTGAGCTTCTATGGTGGATTTGAGCTCATGCGGTGCTCATTCTGgtgagtggcg ... tgtggtgtagTGCAGTGCTGGAGCAGATTCTTTCCCCTCCGTTCTACGCAGCTTAGATTCA
EST: AAAGTTTTGAGCTTCTATGGTGGATTTGAGCTCATGCGGTGCTCATTC-- T---GTGCTGGAGCAGATTCTTTCCCCTCCGTTCTACGCAGCTTAGATTCAEST: gi|100449620|gb|CJ973851.1|CJ973851
genomic: AAAGTTTTGAGCTTCTATGGTGGATTTGAGCTCATGCGGTGCTCATTCTGgtgagtggcg ... tgtggtgtagTGCAGTGCTGGAGCAGATTCTTTCCCCTCCGTTCTACGCAGCTTAGATTCA
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ctgcattaattgcaagtgtggatggatgcgttcttattttccaagtgtggtgtagTGCAGTGCTGGAGCAGATTCTTTCCCCTCCGTTCTACGCAGCTTAGATTCACAACCTTGTTCCGGGTGCCATATTCTAGAGAATTTTCTGGGGAAAATAA
cattaat putative branch site (score: 3)
ttcttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggagtagtttggaggagggaggctatggccccgaagtgagattggctgcattaattgcaagtgtggatggatgcgttcttattttccaagtgtggtgtagTGCAGTGCTGGAGCAGATTCTTTCCCCTCCGTTCTACGCAGCTTAGATTCACAACCTTGTTCCGGGTGCCATATTCTAGAGAATTTTCTGGGGAAAATAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggctgca