Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctattttgtaacaaaacacagcatgtctagtattgtctatgaagaagttcttaactctgtcttttacaatatctgacgccatgtatctcttctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGCTGCCTACCTTGCTCGAGCTGGATTGCAGGTGGCAGTGCTCGAAAGACGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S224_84V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18331301|gb|BJ163310.1|BJ163310
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|100353311|gb|BY964742.1|BY964742
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGATCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|208385189|gb|DC911407.1|DC911407
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|18364827|gb|BJ196900.1|BJ196900
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|18371663|gb|BJ203265.1|BJ203265
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGC
EST: gi|18366095|gb|BJ198173.1|BJ198173
EST:     CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAG                         GGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAG
genomic: CGTTATGTGACGGATGCGAAGGTCCACGGCACGGGTTTTCTGACGGAGAGgtattctttc ... tctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGT-GGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttcttaactctgtcttttacaatatctgacgccatgtatctcttctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGCTGCCTACCTTGCTCGAGCTGGATTGCAGGTGGCAGTGCTCGAAAGACGT
                                      tatctcttctctgct  CT-rich tract
                ttttacaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctattttgtaacaaaacacagcatgtctagtattgtctatgaagaagttcttaactctgtcttttacaatatctgacgccatgtatctcttctctgctagGGTTTGGGATGCAGTAATTGTGGGTGGAGGTCACAATGGCCTTACAGCAGCTGCCTACCTTGCTCGAGCTGGATTGCAGGTGGCAGTGCTCGAAAGACGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA