Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atctatcattgctttcgttcttaatcgtgctacaaaatttaactcattctctcgttaactaatgtttttgagcacttgcactgtttttgaactcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGTGCGATAATGGATCCGGAATGGTCAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S198_154V6.3
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67712858|gb|BJ966307.1|BJ966307
EST:     ATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: ATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|208347181|gb|DC909409.1|DC909409
EST:     CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|208357720|gb|DC902286.1|DC902286
EST:     ATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: ATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|100436406|gb|BY961201.1|BY961201
EST:     CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|208374611|gb|DC931964.1|DC931964
EST:     CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|100448915|gb|CJ973214.1|CJ973214
EST:     CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|100367036|gb|BY948336.1|BY948336
EST:     CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|162184672|gb|FC361910.1|FC361910
EST:     CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGCTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|67719002|gb|BJ969261.1|BJ969261
EST:     CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|100362530|gb|BY947400.1|BY947400
EST:     ATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: ATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|100398536|gb|BY972661.1|BY972661
EST:     CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
EST: gi|100445806|gb|CJ970105.1|CJ970105
EST:     CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAG                         GATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT
genomic: CTCATCTGTTTAGCGCTGGTGCCGGTTCTCTTAAGgtgagagctt ... actcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attctctcgttaactaatgtttttgagcacttgcactgtttttgaactcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGTGCGATAATGGATCCGGAATGGTCAAG
           aactaat  putative branch site (score: 2)
                                              ctcctgt  putative PPT
         ttaactaatgttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atctatcattgctttcgttcttaatcgtgctacaaaatttaactcattctctcgttaactaatgtttttgagcacttgcactgtttttgaactcctgtagGATCATTCTAAAAAATGGCGGGGGAAGGTGAGGATGTCCAGCCTTTGGTGTGCGATAATGGATCCGGAATGGTCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - -tgctaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacttgc