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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtggagtttgtgagtatcgtttttttagatccgctgttggcgatcgtggtgactgacgaatgaggtttgtgtgtggctggctcggctgtgttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGTGTTTAACTGGCACAGGTGAGGACATAGTGTTGCGGTTTCGGATGCGATG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S183_11V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18366504|gb|BJ198583.1|BJ198583
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EST: gi|100406833|gb|BY955743.1|BY955743
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|100430055|gb|BY978224.1|BY978224
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|100442523|gb|BY963217.1|BY963217
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genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|162232061|gb|FC407468.1|FC407468
EST:     GTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
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EST: gi|100403550|gb|BY954982.1|BY954982
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EST: gi|162220974|gb|FC396159.1|FC396159
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genomic: GGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|100372512|gb|BY985634.1|BY985634
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EST: gi|162278227|gb|FC454462.1|FC454462
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EST: gi|67569991|gb|BJ942815.1|BJ942815
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EST: gi|100382874|gb|BY986952.1|BY986952
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|18365509|gb|BJ197586.1|BJ197586
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|100399415|gb|BY954360.1|BY954360
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
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EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|100400678|gb|BY972931.1|BY972931
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTAGGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
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EST: gi|162168864|gb|FC345338.1|FC345338
EST:     GGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: GGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|100400997|gb|BY973048.1|BY973048
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|162275512|gb|FC451579.1|FC451579
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|162259694|gb|FC436518.1|FC436518
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
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EST: gi|18330525|gb|BJ162531.1|BJ162531
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|18362217|gb|BJ194287.1|BJ194287
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
EST: gi|100424965|gb|BY976904.1|BY976904
EST:     TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAG                         ATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
genomic: TCATTGAGTTTCAGGATTTTGTGGACCAGTTGACTATTGGTTATTCTGAGgtaattctct ... ttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGT
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtggtgactgacgaatgaggtttgtgtgtggctggctcggctgtgttttcgacagATTTCGACCGCAATTGGAGGTTTTCGTTTCAGTGAGCTGGGGAATATGTGTGTTTAACTGGCACAGGTGAGGACATAGTGTTGCGGTTTCGGATGCGATG
     gactgac  putative branch site (score: 2)
                                           tgttttc  putative PPT