Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtatcctgatttgaatatttattgagtgatgtataatgttgcacagtggtgtgatcattgtcttttcaaccgtgctattatgcttgtggttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGCACCGCCAATATTGCGGCCAAGTTGGAGATAATGGAGCCCTGTTGCAGTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S17_59V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100391135|gb|BY953145.1|BY953145
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100439745|gb|BY962086.1|BY962086
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18372489|gb|BJ204091.1|BJ204091
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|208379092|gb|DC911617.1|DC911617
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAN                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|162268501|gb|FC444374.1|FC444374
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|162194984|gb|FC369049.1|FC369049
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100444286|gb|BY982315.1|BY982315
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|208351545|gb|DC909989.1|DC909989
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18327660|gb|BJ159663.1|BJ159663
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|208399641|gb|DC908822.1|DC908822
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100435912|gb|BY979286.1|BY979286
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100411847|gb|BY992370.1|BY992370
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18368404|gb|BJ200489.1|BJ200489
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100389151|gb|BY952355.1|BY952355
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100450543|gb|CJ974316.1|CJ974316
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18331590|gb|BJ163601.1|BJ163601
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100441367|gb|BY962656.1|BY962656
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100388867|gb|BY988743.1|BY988743
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100364327|gb|BY984557.1|BY984557
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100364020|gb|BY966286.1|BY966286
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|67574856|gb|BJ947680.1|BJ947680
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100377797|gb|BY986401.1|BY986401
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18347503|gb|BJ179549.1|BJ179549
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|67574414|gb|BJ947238.1|BJ947238
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|22492370|gb|BU052293.1|BU052293
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18330883|gb|BJ162889.1|BJ162889
EST:     GAGCTGGAGTNGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: GAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|162237881|gb|FC412508.1|FC412508
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100448095|gb|CJ972394.1|CJ972394
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18353285|gb|BJ185340.1|BJ185340
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAN                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAG
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAG
EST: gi|100427983|gb|BY959224.1|BY959224
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGGAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGGAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|67577782|gb|BJ949949.1|BJ949949
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100362532|gb|BY947401.1|BY947401
EST:     TCTCCACCGACAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100365388|gb|BY966573.1|BY966573
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100449753|gb|CJ973918.1|CJ973918
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100364747|gb|BY947888.1|BY947888
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100442961|gb|BY963456.1|BY963456
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|162171169|gb|FC347783.1|FC347783
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100377280|gb|BY968449.1|BY968449
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|67702093|gb|BJ962326.1|BJ962326
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTG
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTG
EST: gi|100417127|gb|BY957181.1|BY957181
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|162150189|gb|FC326066.1|FC326066
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18351015|gb|BJ183066.1|BJ183066
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|208375523|gb|DC940521.1|DC940521
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100363746|gb|BY966540.1|BY966540
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|208379480|gb|DC911091.1|DC911091
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|208349136|gb|DC902170.1|DC902170
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100433039|gb|BY978782.1|BY978782
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|162154236|gb|FC330367.1|FC330367
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100352878|gb|BY945495.1|BY945495
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18358781|gb|BJ190840.1|BJ190840
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18372256|gb|BJ203858.1|BJ203858
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|67719719|gb|BJ969978.1|BJ969978
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18344603|gb|BJ176644.1|BJ176644
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100359503|gb|BY947020.1|BY947020
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|208378056|gb|DC906957.1|DC906957
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100357205|gb|BY983746.1|BY983746
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100352459|gb|BY983219.1|BY983219
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|162277367|gb|FC453173.1|FC453173
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100441839|gb|BY981062.1|BY981062
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100447018|gb|CJ971317.1|CJ971317
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18343102|gb|BJ175140.1|BJ175140
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100410588|gb|BY992174.1|BY992174
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18375390|gb|BJ206968.1|BJ206968
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|67719948|gb|BJ970207.1|BJ970207
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18331703|gb|BJ163714.1|BJ163714
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100378820|gb|BY968705.1|BY968705
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18367034|gb|BJ199114.1|BJ199114
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18342527|gb|BJ174562.1|BJ174562
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100415638|gb|BY992932.1|BY992932
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|67709543|gb|BJ965359.1|BJ965359
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18356110|gb|BJ188169.1|BJ188169
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100438593|gb|BY980035.1|BY980035
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|67701822|gb|BJ962055.1|BJ962055
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|162273732|gb|FC449455.1|FC449455
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100419486|gb|BY957596.1|BY957596
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|100361661|gb|BY984281.1|BY984281
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|18331774|gb|BJ163785.1|BJ163785
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
EST: gi|67719929|gb|BJ970188.1|BJ970188
EST:     TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAG                         TTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC
genomic: TCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 48

ACCCAACGTGGTGGAGAGAGCCAAGAGGACGAGTGTGGTCAGCCAGGCCGTCTCCACCGAGAAGGAGCTGGAGTTGAACATCGCCGATGATGTTACCCAGgtactcgatt ... ttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGCACCGCCAATATTGCGGCCAAGTTGGAGATAATGGAGCCCTGTTGCAGTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtggtgtgatcattgtcttttcaaccgtgctattatgcttgtggttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGCACCGCCAATATTGCGGCCAAGTTGGAGATAATGGAGCCCTGTTGCAGTG
                               tattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agtatcctgatttgaatatttattgagtgatgtataatgttgcacagtggtgtgatcattgtcttttcaaccgtgctattatgcttgtggttcattgcagTTGATTGGTAAAACGCCTATGGTATACCTCAATACAGTGGTGGAAGGATGCACCGCCAATATTGCGGCCAAGTTGGAGATAATGGAGCCCTGTTGCAGTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgca