Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaatgaatgcgcgatggttcaatttttgtgcttagagcgcgtgatcgacgtgctctatggattaatgcgtgtattccaatgatgcttctggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTCTCTGTCTAGCCTGTCGGCAACCAAGCTGGGGTCCACTGCGATTCAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S160_44V6.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S160_44V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
caaatgaatgcgcgatggttcaatttttgtgcttagagcgcgtgatcgacgtgctctatggattaatgc-gtgtattccaatgatgcttctggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTCTCTGTCTAGCCTGTCGGCAACCAAGCTGGGGTCCACTGCGATTCAAG
  ||||| | || |||       |  |   |||| |   |  | |   |       |    |||  | | | || |  ||    |  |  |  ||  |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||    ||  | || ||     | || || |||||||| || || |  || ||| |||
gtaatgatttcgggata-cggggtcatcaagctttgcatgtatcaaaaattaaaattccaaattgctcctgggtttctcagctttcttggtttatgaacagATGTTTGCATTGTTGGTGTTGCACGTACGCCAATGGGTGGCTTTTTGGGTACACTTTCATCTTTATCAGCTACCAAGCTTGGATCTATAGCCATTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67718754|gb|BJ969013.1|BJ969013
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|18358109|gb|BJ190168.1|BJ190168
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|100445895|gb|CJ970194.1|CJ970194
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|18325088|gb|BJ157084.1|BJ157084
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|100421800|gb|BY993649.1|BY993649
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|18331714|gb|BJ163725.1|BJ163725
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|18360796|gb|BJ192859.1|BJ192859
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|18349630|gb|BJ181680.1|BJ181680
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|208389079|gb|DC937412.1|DC937412
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|208400031|gb|DC908608.1|DC908608
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|100364678|gb|BY947854.1|BY947854
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|208390080|gb|DC942381.1|DC942381
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|100387301|gb|BY970445.1|BY970445
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTCGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|162156306|gb|FC332330.1|FC332330
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|208391223|gb|DC933512.1|DC933512
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|40781593|gb|AJ583523.1|AJ583523
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|18345885|gb|BJ177928.1|BJ177928
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|208367731|gb|DC940202.1|DC940202
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|100432533|gb|BY960504.1|BY960504
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|208369407|gb|DC936096.1|DC936096
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|208358809|gb|DC935195.1|DC935195
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|100448720|gb|CJ973019.1|CJ973019
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|100386211|gb|BY987878.1|BY987878
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: gi|208358457|gb|DC930589.1|DC930589
EST:     CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG                         ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgacgtgctctatggattaatgcgtgtattccaatgatgcttctggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTCTCTGTCTAGCCTGTCGGCAACCAAGCTGGGGTCCACTGCGATTCAAG
               gattaat  putative branch site (score: 3)
                attaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caaatgaatgcgcgatggttcaatttttgtgcttagagcgcgtgatcgacgtgctctatggattaatgcgtgtattccaatgatgcttctggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTCTCTGTCTAGCCTGTCGGCAACCAAGCTGGGGTCCACTGCGATTCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG