1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...caaatgaatgcgcgatggttcaatttttgtgcttagagcgcgtgatcgacgtgctctatggattaatgcgtgtattccaatgatgcttctggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTCTCTGTCTAGCCTGTCGGCAACCAAGCTGGGGTCCACTGCGATTCAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S160_44V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|18358109|gb|BJ190168.1|BJ190168
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|100445895|gb|CJ970194.1|CJ970194
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|18325088|gb|BJ157084.1|BJ157084
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|100421800|gb|BY993649.1|BY993649
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|18331714|gb|BJ163725.1|BJ163725
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|18360796|gb|BJ192859.1|BJ192859
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|18349630|gb|BJ181680.1|BJ181680
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|208389079|gb|DC937412.1|DC937412
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|40781593|gb|AJ583523.1|AJ583523
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|208400031|gb|DC908608.1|DC908608
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|100364678|gb|BY947854.1|BY947854
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|208390080|gb|DC942381.1|DC942381
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|100387301|gb|BY970445.1|BY970445
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTCGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|162156306|gb|FC332330.1|FC332330
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|208391223|gb|DC933512.1|DC933512
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|18345885|gb|BJ177928.1|BJ177928
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|208367731|gb|DC940202.1|DC940202
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|100432533|gb|BY960504.1|BY960504
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|208369407|gb|DC936096.1|DC936096
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|208358809|gb|DC935195.1|DC935195
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|100448720|gb|CJ973019.1|CJ973019
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|100386211|gb|BY987878.1|BY987878
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTEST: gi|208358457|gb|DC930589.1|DC930589
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
EST: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCG ATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
genomic: CTTTGTAGACAGAATGGGTTCCGATGCTCCCGACTCGATTGCTCCTCGCGgtgagtgttt ... ggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCT
tcgacgtgctctatggattaatgcgtgtattccaatgatgcttctggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTCTCTGTCTAGCCTGTCGGCAACCAAGCTGGGGTCCACTGCGATTCAAG
gattaat putative branch site (score: 10)
attaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaatgaatgcgcgatggttcaatttttgtgcttagagcgcgtgatcgacgtgctctatggattaatgcgtgtattccaatgatgcttctggattgacagATGTGTGCATTGTTGGCGTGGCACGGACGCCAATGGGTGGGTTGAGTGGCTCTCTGTCTAGCCTGTCGGCAACCAAGCTGGGGTCCACTGCGATTCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG