1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tttcgataatgcgcattgatatttttctggctgttaaaggatttggaatactcttggcagctgttatcgtagttgaagttgaattatgctggtattgcagGTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAGGAAGACTTGTAGAGCTCATAGAGAGATAATTATGGCGGCAGCTGCAGGG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S156_30V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAAGAAGAGAAGCAATCTCCTCCTTCAAAAATTTCTCCCCGATTTGAG GTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAGEST: gi|100413671|gb|BY974932.1|BY974932
genomic: AAGAAGAAGAGAAGCAATCTCCTCCTTCAAAAATTTCTCCCCGATTTGAGgtgtgttgct ... ggtattgcagGTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAG
EST: AAGAAGAAGAGAAGCAATCTCCTCCTTCAAAAATTTCTCCCCGATTTGAG GTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAGEST: gi|18359354|gb|BJ191415.1|BJ191415
genomic: AAGAAGAAGAGAAGCAATCTCCTCCTTCAAAAATTTCTCCCCGATTTGAGgtgtgttgct ... ggtattgcagGTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAG
EST: AAGAAGAAGAGAAGCAATCTCCTCCTTCAAAAATTTCTCCCCGATTTGAG GTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAGEST: gi|100442201|gb|BY963094.1|BY963094
genomic: AAGAAGAAGAGAAGCAATCTCCTCCTTCAAAAATTTCTCCCCGATTTGAGgtgtgttgct ... ggtattgcagGTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAG
EST: AAGAAGAAGAGAAGCAATCTCCTCCTTCAAAAATTTCTCCCCGATTTGAG GTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAG
genomic: AAGAAGAAGAGAAGCAATCTCCTCCTTCAAAAATTTCTCCCCGATTTGAGgtgtgttgct ... ggtattgcagGTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAG
gaatactcttggcagctgttatcgtagttgaagttgaattatgctggtattgcagGTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAGGAAGACTTGTAGAGCTCATAGAGAGATAATTATGGCGGCAGCTGCAGGG
ttgaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcgataatgcgcattgatatttttctggctgttaaaggatttggaatactcttggcagctgttatcgtagttgaagttgaattatgctggtattgcagGTTTTCATTTTGCGGTAATTGAGCCCCAGAATCTTTGGTTAAGCCTTAGAGGAAGACTTGTAGAGCTCATAGAGAGATAATTATGGCGGCAGCTGCAGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG