Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcattgcaggaatttttggttgagaaaatatgcttgcagaattttgatgtatgacatagaagtattttggtgtatgacatagaaatgttctgatgtgcagATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGATAGGACTTACCACCATTTTTGGGAATGTAGATATCGATTTGGCCACTAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S140_172V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208350886|gb|DC909933.1|DC909933
EST:     CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTG                         ATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA
genomic: CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTGgtacgtgatt ... tgatgtgcagATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA
EST: gi|100360499|gb|BY983815.1|BY983815
EST:     CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTG                         ATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA
genomic: CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTGgtacgtgatt ... tgatgtgcagATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA
EST: gi|208357242|gb|DC910653.1|DC910653
EST:     CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTG                         ATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA
genomic: CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTGgtacgtgatt ... tgatgtgcagATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA
EST: gi|208358940|gb|DC939224.1|DC939224
EST:     CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTG                         ATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA
genomic: CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTGgtacgtgatt ... tgatgtgcagATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA
EST: gi|162252651|gb|FC428688.1|FC428688
EST:     CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTG                         ATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA
genomic: CAAGAATCCAGCTCGGAAGAGAGTCATTATCGACACGGATCCCGGGATTGgtacgtgatt ... tgatgtgcagATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatgtatgacatagaagtattttggtgtatgacatagaaatgttctgatgtgcagATGACATGATGGCAATTTTTATGGCTTTTGAAGCTCCTGGTATTGAAGTGATAGGACTTACCACCATTTTTGGGAATGTAGATATCGATTTGGCCACTAA
                                          ttctgat  putative branch site (score: 3)
              aagtatttt  TA-rich tract